当前解析结果
SmilChr02G002723| 统一新 Gene ID | SmilChr02G002723 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr02G002723 |
| 描述 | probable glucuronoxylan glucuronosyltransferase F8H |
| 染色体 / SeqID | Chr02 / NC_080388.1 |
| 坐标与链方向 | 47086453 - 47091132 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131011758 |
|---|---|
| GeneID | 131011758 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131011758 |
| 原始查询 | SmilChr02G002723 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | probable glucuronoxylan glucuronosyltransferase F8H |
| 产物 | probable glucuronoxylan glucuronosyltransferase F8H |
| Arabidopsis | AT1G21480 (AT1G21480)Exostosin family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838746] identity=70.8; qcov=1.02; evalue=0; confidence=high |
| Rice | Os03g0107900- identity=25.5; qcov=0.703; evalue=4.6e-19; confidence=low |
| GO | GO:0006486 (GO:0006486); GO:0016757 (glycosyltransferase activity) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF03016 (Exostosin_GT47) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131011758 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Golgi apparatus | 高尔基体 | 1.00000 | XP_057795577.1 |
| 2 | Golgi stack | 高尔基堆 | 0.20000 | XP_057795577.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057795577.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057795577.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057795577.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr2:47086668 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B112,C34 |
Chr2:47086879 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C60 |
Chr2:47086883 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B1,B85,C28 |
Chr2:47089161 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B36,B51,C22 |
Chr2:47089581 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B112,C34 |
Chr2:47089586 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C10 |
Chr2:47089605 |
CG |
C |
1bp_deletion | frameshift_variant | 152 | A1,A13,A18,A19,A2,A21,A22,A23,A25,A3,A7,B1,B10,B100,B102,B103,B105,B107,B109,B11,B110,B111,B113,B115,B117,B118,B119,B12,B122,B123,B124,B125,B127,B128,B129,B130,B131,B132,B133,B135,B136,B137,B138,B139,B14,B140,B16,B17,B2,B20,B21,B22,B23,B24,B26,B28,B30,B33,B37,B4,B41,B42,B43,B46,B48,B49,B5,B50,B51,B52,B54,B57,B58,B60,B62,B64,B65,B67,B68,B69,B70,B72,B74,B76,B77,B79,B8,B80,B82,B84,B85,B88,B89,B9,B90,B91,B92,B93,B94,B95,B97,B98,C1,C12,C14,C15,C16,C18,C19,C20,C21,C25,C26,C27,C3,C34,C37,C38,C39,C44,C45,C51,C53,C54,C55,C57,C58,C60,C61,C62,C67,C7,C71,C72,C73,C74,C77,C79,C81,C82,C83,C85,C87,C9,D10,D11,D2,D3,D4,D5,D6,D7 |
Chr2:47089606 |
G |
GA |
1bp_insertion | frameshift_variant | 19 | A14,A15,A9,B104,B15,B3,B31,B40,B45,B53,B56,B7,B71,B96,C48,C49,C5,C8,D1 |
Chr2:47090414 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A5,B15,C39,C78 |
Chr2:47090507 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B101 |
Chr2:47090535 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B36,B51,C22 |
Chr2:47090541 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B121,B49,C80 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057795577.1PF03016
Exostosin_GT47 84-370 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057795577.1 |
Pfam | PF03016 |
Exostosin_GT47 | Domain | 84 | 370 | 1.2e-37 | 130.6 | Exostosin GT47 domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。