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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G002725

染色体: Chr02 坐标: 47160230-47162357 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G002725
名称SmilChr02G002725
描述bidirectional sugar transporter SWEET1-like
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向47160230 - 47162357 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131011760
GeneID131011760
locus_tag-
NCBI NameLOC131011760
原始查询SmilChr02G002725

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述bidirectional sugar transporter SWEET1-like
产物bidirectional sugar transporter SWEET1-like
ArabidopsisAT1G21460 (SWEET1)
Nodulin MtN3 family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838744]
identity=72.1; qcov=0.959; evalue=3.32e-122; confidence=high
RiceOs01g0881300 (OsSWEET1a)
-
identity=72.7; qcov=0.889; evalue=1.25e-113; confidence=high
GOGO:0008643 (carbohydrate transport); GO:0016020 (membrane); GO:0051119 (sugar transmembrane transporter activity)
KEGG-
PfamPF03083 (MtN3_slv)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131011760

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057795580.1
2 Vacuole 液泡 0.20000 XP_057795580.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057795580.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057795580.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057795580.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:47160845 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B111,B114,B134
Chr2:47161099 A AC 1bp_insertion frameshift_variant 6 A15,A16,B40,B76,C86,D3
Chr2:47161116 T TAG 2bp_insertion frameshift_variant 118 A11,A14,A15,A16,A18,A2,A24,A4,A5,A7,B1,B101,B102,B105,B109,B11,B112,B115,B119,B12,B120,B121,B123,B125,B128,B129,B13,B131,B133,B135,B138,B139,B140,B19,B2,B20,B24,B25,B27,B29,B3,B34,B36,B37,B38,B39,B40,B42,B45,B46,B5,B50,B54,B55,B58,B6,B62,B65,B68,B69,B72,B75,B76,B79,B8,B80,B81,B82,B83,B86,B89,B90,B92,B97,C11,C15,C16,C18,C21,C24,C30,C33,C34,C37,C39,C4,C41,C42,C43,C44,C45,C5,C51,C52,C53,C55,C56,C57,C59,C6,C60,C62,C64,C65,C66,C68,C69,C7,C72,C73,C74,C77,C80,C81,C86,D10,D3,D7
Chr2:47162046 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr2:47162163 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B121,B49,C80

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057795580.1
243 aa
N
1
122
243
MtN3_slv
MtN3_slv
C
PF03083 MtN3_slv 8-95 aa PF03083 MtN3_slv 131-214 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057795580.1 Pfam PF03083 MtN3_slv Repeat 8 95 7.5e-44 148.4 Sugar efflux transporter for intercellular exchange
XP_057795580.1 Pfam PF03083 MtN3_slv Repeat 131 214 7.5e-44 148.4 Sugar efflux transporter for intercellular exchange

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057939597.1
AACATTATTTTGACTTACCAACTATGCATCTTAATGATATCACCAAAAAATATCATTAAATAATATTTAAGAAATTAAACGAGAGGATAAAAGAAAGAACTATTGGTCAAACCCGTGAATTTTAAATTGGTGTATGTGACAGCAGAAATCAGCAGTTCTGCTCTTTCACAAATATAGCAAATTTTCAATTTAAATTTTTAGTGCCAAGCTGTAAATTCTGTTTCTGTTAAACCAACTTCTTCCTCGCTTCTTGCTTCCCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131011760
ATGGGAAATGTTGTGCACTTTGTGATTGGAATTTTCGGAAATGCCTTTGCGCTGTTTCTTTTCCTGGCTCCATTGATCACCTTCAAAAGGATTGTGAAGAAGAGGTCTACAGAGCAGTTTTCTGGAGTTCCCTACGTCATGACTCTGCTCAACTGCTTGCTTTCTGCTTGGTATGGCATGCCTTTTGTGTCACCTAACAACCTGCTGGTGTCCACGATAAATGGGACGGGAGCGGTGATTGAGACAGTATATGTGATGAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057795580.1
MGNVVHFVIGIFGNAFALFLFLAPLITFKRIVKKRSTEQFSGVPYVMTLLNCLLSAWYGMPFVSPNNLLVSTINGTGAVIETVYVMIFILFAPKKEKSKILGLFILVLTVFAMVVLVSLLALHGNARKLFCGIAATVFSIIMYGSPLTIIRLVIKTKSVEFMPFFLSLFVFLCGTSWFIFGLLGKDPFVAIPNGFGSGLGAVQLILYAIYRKNKGAGEEEEMEMEKHKAKPHQQKPSPSQEQV

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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