当前解析结果
SmilChr02G002725| 统一新 Gene ID | SmilChr02G002725 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr02G002725 |
| 描述 | bidirectional sugar transporter SWEET1-like |
| 染色体 / SeqID | Chr02 / NC_080388.1 |
| 坐标与链方向 | 47160230 - 47162357 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131011760 |
|---|---|
| GeneID | 131011760 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131011760 |
| 原始查询 | SmilChr02G002725 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | bidirectional sugar transporter SWEET1-like |
| 产物 | bidirectional sugar transporter SWEET1-like |
| Arabidopsis | AT1G21460 (SWEET1)Nodulin MtN3 family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838744] identity=72.1; qcov=0.959; evalue=3.32e-122; confidence=high |
| Rice | Os01g0881300 (OsSWEET1a)- identity=72.7; qcov=0.889; evalue=1.25e-113; confidence=high |
| GO | GO:0008643 (carbohydrate transport); GO:0016020 (membrane); GO:0051119 (sugar transmembrane transporter activity) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF03083 (MtN3_slv) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131011760 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cell membrane | 细胞膜 | 1.00000 | XP_057795580.1 |
| 2 | Vacuole | 液泡 | 0.20000 | XP_057795580.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057795580.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057795580.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057795580.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr2:47160845 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B111,B114,B134 |
Chr2:47161099 |
A |
AC |
1bp_insertion | frameshift_variant | 6 | A15,A16,B40,B76,C86,D3 |
Chr2:47161116 |
T |
TAG |
2bp_insertion | frameshift_variant | 118 | A11,A14,A15,A16,A18,A2,A24,A4,A5,A7,B1,B101,B102,B105,B109,B11,B112,B115,B119,B12,B120,B121,B123,B125,B128,B129,B13,B131,B133,B135,B138,B139,B140,B19,B2,B20,B24,B25,B27,B29,B3,B34,B36,B37,B38,B39,B40,B42,B45,B46,B5,B50,B54,B55,B58,B6,B62,B65,B68,B69,B72,B75,B76,B79,B8,B80,B81,B82,B83,B86,B89,B90,B92,B97,C11,C15,C16,C18,C21,C24,C30,C33,C34,C37,C39,C4,C41,C42,C43,C44,C45,C5,C51,C52,C53,C55,C56,C57,C59,C6,C60,C62,C64,C65,C66,C68,C69,C7,C72,C73,C74,C77,C80,C81,C86,D10,D3,D7 |
Chr2:47162046 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B104 |
Chr2:47162163 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B121,B49,C80 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057795580.1PF03083
MtN3_slv 8-95 aa
PF03083
MtN3_slv 131-214 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057795580.1 |
Pfam | PF03083 |
MtN3_slv | Repeat | 8 | 95 | 7.5e-44 | 148.4 | Sugar efflux transporter for intercellular exchange |
XP_057795580.1 |
Pfam | PF03083 |
MtN3_slv | Repeat | 131 | 214 | 7.5e-44 | 148.4 | Sugar efflux transporter for intercellular exchange |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。