当前解析结果
SmilChr02G002750| 统一新 Gene ID | SmilChr02G002750 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr02G002750 |
| 描述 | protein FAR1-RELATED SEQUENCE 7-like |
| 染色体 / SeqID | Chr02 / NC_080388.1 |
| 坐标与链方向 | 47534010 - 47538392 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131011781 |
|---|---|
| GeneID | 131011781 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131011781 |
| 原始查询 | SmilChr02G002750 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | protein FAR1-RELATED SEQUENCE 7-like |
| 产物 | protein FAR1-RELATED SEQUENCE 7-like |
| Arabidopsis | AT3G06250 (FRS7)FAR1-related sequence 7 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819799] identity=27.1; qcov=0.674; evalue=9.32e-29; confidence=low |
| Rice | Os07g0563600 (OJ1720_F04.111)- identity=37; qcov=0.587; evalue=7.63e-46; confidence=medium |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF03101 (FAR1) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131011781 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057795604.1 |
| 2 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057795604.1 |
| 3 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057795604.1 |
| 4 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057795604.1 |
| 5 | Telomere | 端粒 | 0.00000 | XP_057795604.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr2:47535674 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C23,C74 |
Chr2:47535875 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B132,B44,B5 |
Chr2:47535930 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B1,B131,B89 |
Chr2:47535950 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B113,B17,B93 |
Chr2:47536084 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B108,B131,B89,C74 |
Chr2:47536148 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A10,C33,C82 |
Chr2:47536167 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B1,B108,B131,B89,C74 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057795604.1PF03101
FAR1 190-274 aa
PF03101
FAR1 322-411 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057795604.1 |
Pfam | PF03101 |
FAR1 | Domain | 190 | 274 | 1.2e-48 | 164.5 | FAR1 DNA-binding domain |
XP_057795604.1 |
Pfam | PF03101 |
FAR1 | Domain | 322 | 411 | 1.2e-48 | 164.5 | FAR1 DNA-binding domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。