当前解析结果
SmilChr02G002751| 统一新 Gene ID | SmilChr02G002751 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr02G002751 |
| 描述 | protein FAR1-RELATED SEQUENCE 5-like |
| 染色体 / SeqID | Chr02 / NC_080388.1 |
| 坐标与链方向 | 47536964 - 47538247 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131009631 |
|---|---|
| GeneID | 131009631 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131009631 |
| 原始查询 | SmilChr02G002751 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | protein FAR1-RELATED SEQUENCE 5-like |
| 产物 | protein FAR1-RELATED SEQUENCE 5-like |
| Arabidopsis | AT4G38180 (FRS5)FAR1-related sequence 5 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829974] identity=32.1; qcov=1.01; evalue=3.59e-75; confidence=low |
| Rice | Os07g0615900- identity=42.7; qcov=0.948; evalue=5.97e-120; confidence=medium |
| GO | GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription); GO:0008270 (zinc ion binding) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF04434 (SWIM); PF10551 (MULE); PF21056 (ZSWIM1-3_RNaseH-like) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131009631 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057793028.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.60000 | XP_057793028.1 |
| 3 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.40000 | XP_057793028.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057793028.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057793028.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr2:47537264 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D10 |
Chr2:47537779 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B17,B90,C44 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057793028.1PF21056
ZSWIM1-3_RNaseH-like 58-176 aa
PF10551
MULE 93-187 aa
PF04434
SWIM 373-407 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057793028.1 |
Pfam | PF21056 |
ZSWIM1-3_RNaseH-like | Domain | 58 | 176 | 2e-09 | 38.1 | Zinc finger SWIM domain-containing protein 1/3, RNaseH-like domain |
XP_057793028.1 |
Pfam | PF10551 |
MULE | Domain | 93 | 187 | 1.4e-21 | 77.4 | MULE transposase domain |
XP_057793028.1 |
Pfam | PF04434 |
SWIM | Domain | 373 | 407 | 4.4e-05 | 23.6 | SWIM zinc finger |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。