Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G002758`

染色体: Chr02 坐标: 47626563-47627193 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G002758`
名称	SmilChr02G002758
描述	uncharacterized SmilChr02G002758
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	47626563 - 47627193 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131009634`
GeneID	`131009634`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131009634`
原始查询	`SmilChr02G002758`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	confidence=no_hit
产物	confidence=no_hit
Arabidopsis	`-` -
Rice	`-` -
GO	GO:0008270 (zinc ion binding)
KEGG	-
Pfam	PF06839 (Zn_ribbon_GRF)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131009634

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	0.60000	`XP_057793029.1`
2	Nucleus membrane	核膜	0.20000	`XP_057793029.1`
3	Endoplasmic reticulum membrane	内质网膜	0.20000	`XP_057793029.1`
4	Peroxisome	过氧化物酶体	0.20000	`XP_057793029.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057793029.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:47626609`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C19
`Chr2:47626714`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C24
`Chr2:47626721`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C39
`Chr2:47626774`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B82,D10
`Chr2:47626775`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C25
`Chr2:47626783`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C25
`Chr2:47626874`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B7
`Chr2:47627066`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B92,C1
`Chr2:47627108`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B96

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057793029.1

175 aa

175

Zn_ribbon_GRF

PF06839 Zn_ribbon_GRF 40-81 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057793029.1`	Pfam	`PF06839`	Zn_ribbon_GRF	Domain	40	81	3.8e-07	30.8	GRF zinc finger

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057937046.1
CTAAATTAATTCGACGCAACCATGAGCAAATGGTGGAATAGCGAGACCGGAGAATCCTTTTCGAGCTCAAGCTCGTCTGAGTTGGGGTTCAACTCACCATACAATTCGCGTTCGGGTAGCTCCGCTGGGCTGCCCAAACTATGCAAACACGGCATTGCGTCGTTGAGAACTTCTCACACCCCTCTCAACCCTATGCGGCGATTCTACTGCTGCAGCCGTCGAGGGTCTGCCGAAGATTGTGGGTTATGGGAGTGGGTTGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131009634
ATGAGCAAATGGTGGAATAGCGAGACCGGAGAATCCTTTTCGAGCTCAAGCTCGTCTGAGTTGGGGTTCAACTCACCATACAATTCGCGTTCGGGTAGCTCCGCTGGGCTGCCCAAACTATGCAAACACGGCATTGCGTCGTTGAGAACTTCTCACACCCCTCTCAACCCTATGCGGCGATTCTACTGCTGCAGCCGTCGAGGGTCTGCCGAAGATTGTGGGTTATGGGAGTGGGTTGATACAGAATTGAATGACCACTA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057793029.1
MSKWWNSETGESFSSSSSSELGFNSPYNSRSGSSAGLPKLCKHGIASLRTSHTPLNPMRRFYCCSRRGSAEDCGLWEWVDTELNDHYKECISKLRNDLARAEELRDQATMAATLSSQRLESRLAVMNSAVVELGLLKARNETLEGIVRGLLFKIRTTKWVLCVVALLFALLWVLK

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器