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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G002761

染色体: Chr02 坐标: 47671003-47676779 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G002761
名称SmilChr02G002761
描述serine/threonine-protein kinase PBL34-like
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向47671003 - 47676779 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131011791
GeneID131011791
locus_tag-
NCBI NameLOC131011791
原始查询SmilChr02G002761

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述serine/threonine-protein kinase PBL34-like
产物serine/threonine-protein kinase PBL34-like
ArabidopsisAT1G55200 (AT1G55200)
kinase with adenine nucleotide alpha hydrolases-like domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841963]
identity=35.1; qcov=0.812; evalue=7.99e-92; confidence=medium
RiceOs01g0881966
-
identity=58.5; qcov=0.432; evalue=1.8e-121; confidence=low
GOGO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0005886 (plasma membrane); GO:0006468 (protein phosphorylation)
KEGG-
PfamPF00069 (Pkinase); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131011791

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057795614.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.20000 XP_057795614.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057795614.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057795614.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057795614.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:47671581 TA T 1bp_deletion frameshift_variant 1 C49
Chr2:47671581 TA T 1bp_deletion CDS_variant 1 C49
Chr2:47671630 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C19
Chr2:47671752 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B32
Chr2:47671807 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B31,C19,C53,D3
Chr2:47671850 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C19
Chr2:47672522 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A2,A7,B126
Chr2:47672807 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D8
Chr2:47673052 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C34
Chr2:47673214 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B32
Chr2:47673218 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B31,B68,C53,D3
Chr2:47673262 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B69

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057795614.1
688 aa
N
1
344
688
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF00069 Pkinase 388-651 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 390-651 aa
XP_057795615.1
685 aa
N
1
342
685
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF00069 Pkinase 385-648 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 387-648 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057795614.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 388 651 6.8e-30 105.1 Protein kinase domain
XP_057795614.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 390 651 1e-29 104.4 Protein tyrosine and serine/threonine kinase
XP_057795615.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 385 648 6.8e-30 105.1 Protein kinase domain
XP_057795615.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 387 648 1e-29 104.4 Protein tyrosine and serine/threonine kinase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XR_009097114.1
TATGGGAATAAACCTAGGAAGTTGATTGATTTTCGAATATTCAGAAACACCCAAAACGTTCTTTGATGTTATCATCCACTTCACAATCACCCTTGTTTGTTATTGTTGTGCAGAAACGCTTTCCATCATTCCCGCCACAACCTCATTTCGAATATCCTCATCAATATTCGGAACATCGAATAGAAATGGGAAAAAAAATTGCTTCTTTCTTGTTCAAGAATCATCACAACAGACACTGCAATTTGCCCTTTTCTTGTGTT...
XM_057939631.1
ACCGAAGGAAGTAGACCAATTACAACAGTAAACAGACAACACACAAGAAAAGGTGATAAAAGATTTTATGGGAATAAACCTAGGAAGTTGATTGATTTTCGAATATTCAGAAACACCCAAAACGTTCTTTGATGTTATCATCCACTTCACAATCACCCTTGTTTGTTATTGTTGTGCAGAAACGCTTTCCATCATTCCCGCCACAACCTCATTTCGAATATCCTCATCAATATTCGGAACATCGAATAGAAATGGGAAAA...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC131011791
ATGGCAATGGCATCACCAAGTGAAAGGAGCAGTAGTAGTAGAAGCACTACTTCTCTCATGCCTGGGCGCATTGTAGTTGCGTGTGATGCCACTAGAAATTTCAATTCTCAGGAATTCAAGCAAATTATTAGTAATATCCAAACGCGCCAAAACATGATTCAGGAAGTCGATACCATTACAGTTCTTGGAGTCTTGCATAAAGTGCTTCACCCCATGGGTTTCCAAATGCAAATAGGCCCTGATTCTTTCATTGGAACACG...
LOC131011791
ATGGCAATGGCATCACCAAGTGAAAGGAGCAGTAGTAGTAGAAGCACTACTTCTCTCATGCCTGGGCGCATTGTAGTTGCGTGTGATGCCACTAGAAATTTCAATTCTCAGGAATTCAAGCAAATTATTAGTAATATCCAAACGCGCCAAAACATGATTCAGGAAGTCGATACCATTACAGTTCTTGGAGTCTTGCATAAAGTGCTTCACCCCATGGGTTTCCAAATGCAAATAGGCCCTGATTCTTTCATTGGAACACG...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057795614.1
MAMASPSERSSSSRSTTSLMPGRIVVACDATRNFNSQEFKQIISNIQTRQNMIQEVDTITVLGVLHKVLHPMGFQMQIGPDSFIGTRVRAIKEEVTRMVDAYAGKLQNSAEECEGSGVVIEVKIVVGAPLKNVIVQEAIGSNATWVVLNRHLRKELKFYLNKIPCKVAQTLDNFSLKILRPFYSDKAMGNIEPELFYSLSKLVSVIPSDYTPSNDHSLISPIYRGSTSSHRSSGSDRSSFVSSLTSKSKEQNIFSPDEFT...
XP_057795615.1
MAMASPSERSSSSRSTTSLMPGRIVVACDATRNFNSQEFKQIISNIQTRQNMIQEVDTITVLGVLHKVLHPMGFQMQIGPDSFIGTRVRAIKEEVTRMVDAYAGKLQNSAEECEGSGVVIEVKIVVGAPLKNVIVQEAIGSNATWVVLNRHLRKELKFYLNKIPCKVAQTLDNFSLKILRPFYSDKAMGNIEPELFYSLSKLVSVIPSDYTPSNDHSLISPIYRGSTSSHRSSGSDRSSFVSSLTSKSKEQNIFSPDEFT...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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