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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G002764

染色体: Chr02 坐标: 47698071-47700552 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G002764
名称SmilChr02G002764
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At3g26540
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向47698071 - 47700552 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131011794
GeneID131011794
locus_tag-
NCBI NameLOC131011794
原始查询SmilChr02G002764

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At3g26540
产物pentatricopeptide repeat-containing protein At3g26540
ArabidopsisAT3G26540 (AT3G26540)
Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:822262]
identity=54.3; qcov=0.936; evalue=0; confidence=high
RiceOs04g0436800
-
identity=47.3; qcov=0.947; evalue=0; confidence=high
GOGO:0003723 (RNA binding); GO:0005515 (protein binding); GO:0009451 (RNA modification)
KEGG-
PfamPF01535 (PPR); PF13041 (PPR_2); PF13812 (PPR_3)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131011794

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057795621.1
2 Chloroplast 叶绿体 0.20000 XP_057795621.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057795621.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057795621.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057795621.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:47698661 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C24,C82
Chr2:47698837 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C14
Chr2:47698856 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B69
Chr2:47698912 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B21,B51
Chr2:47698995 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B95,D8
Chr2:47699154 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C82
Chr2:47699185 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B26,C5
Chr2:47699309 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr2:47699772 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B26,C5
Chr2:47699850 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A5,D9
Chr2:47699944 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B140,B72,D3
Chr2:47700020 C CAT 2bp_insertion frameshift_variant 9 A22,B128,B42,B43,B58,B65,B70,C57,C87

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057795621.1
714 aa
N
1
357
714
PPR
PPR
PPR_2
PPR
PPR_2
PPR
PPR
PPR
PPR
PPR
PPR_2
PPR
PPR_3
PPR
C
PF01535 PPR 109-131 aa PF01535 PPR 135-164 aa PF13041 PPR_2 135-178 aa PF01535 PPR 207-230 aa PF13041 PPR_2 232-278 aa PF01535 PPR 235-265 aa PF01535 PPR 307-328 aa PF01535 PPR 336-364 aa PF01535 PPR 367-395 aa PF01535 PPR 440-463 aa PF13041 PPR_2 467-514 aa PF01535 PPR 469-496 aa PF13812 PPR_3 469-513 aa PF01535 PPR 571-599 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057795621.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 109 131 4.2e-59 193.5 PPR repeat
XP_057795621.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 135 164 4.2e-59 193.5 PPR repeat
XP_057795621.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 135 178 3.2e-63 210.4 PPR repeat family
XP_057795621.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 207 230 4.2e-59 193.5 PPR repeat
XP_057795621.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 232 278 3.2e-63 210.4 PPR repeat family
XP_057795621.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 235 265 4.2e-59 193.5 PPR repeat
XP_057795621.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 307 328 4.2e-59 193.5 PPR repeat
XP_057795621.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 336 364 4.2e-59 193.5 PPR repeat
XP_057795621.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 367 395 4.2e-59 193.5 PPR repeat
XP_057795621.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 440 463 4.2e-59 193.5 PPR repeat
XP_057795621.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 467 514 3.2e-63 210.4 PPR repeat family
XP_057795621.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 469 496 4.2e-59 193.5 PPR repeat
XP_057795621.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 469 513 2e-19 70.1 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057795621.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 571 599 4.2e-59 193.5 PPR repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057939638.1
CAGAGAAAATAAGTAGTAGAATAGAAAAAAAAAAAAATCTCATTACATGGGCTCGAAAGCGGCCTCGGTTCTAAGCCGTCATCTCCGCTCCGCCACCGCCACCGTCACCTCAACCACCAGGGCGCACCGCCTCGACTCGCCGGTCGCCGTCAAGGAACTAACCACCACGATCCTCAACCACATCCGCCTGGGACGCCTCCCGAAAGCAATCTCAATCCTCTTCTCTTCCGCGACACCTCTGCCTTTCTCTCTCTACGCCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131011794
ATGGGCTCGAAAGCGGCCTCGGTTCTAAGCCGTCATCTCCGCTCCGCCACCGCCACCGTCACCTCAACCACCAGGGCGCACCGCCTCGACTCGCCGGTCGCCGTCAAGGAACTAACCACCACGATCCTCAACCACATCCGCCTGGGACGCCTCCCGAAAGCAATCTCAATCCTCTTCTCTTCCGCGACACCTCTGCCTTTCTCTCTCTACGCCCATCTCTTCCGAATTTGCGCGTCGAGCAAAGCCATAATCGAGACCCG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057795621.1
MGSKAASVLSRHLRSATATVTSTTRAHRLDSPVAVKELTTTILNHIRLGRLPKAISILFSSATPLPFSLYAHLFRICASSKAIIETRKLESHLVTFNPNPPVFLLNRAIESYGICNCVKDAEDLFDEMPNRDGGSWNAMITAYSRNGCTEDALHLFSVMIEDGVFASEVTFASVLASCGNALELWLSRQVHGLIVKYGFSGNVILESSLVDVYGKCGAMIESRRMFDEIQHPNEVSWNVIVRRYLEMGEGNEAINMFSRM...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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