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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G002770

染色体: Chr02 坐标: 47753290-47755958 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G002770
名称SmilChr02G002770
描述wall-associated receptor kinase-like 4
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向47753290 - 47755958 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131011799
GeneID131011799
locus_tag-
NCBI NameLOC131011799
原始查询SmilChr02G002770

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述wall-associated receptor kinase-like 4
产物wall-associated receptor kinase-like 4
ArabidopsisAT1G21240 (WAK3)
wall associated kinase 3 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838719]
identity=28.4; qcov=1.18; evalue=2.8e-19; confidence=low
RiceOs09g0471200
-
identity=30.3; qcov=1.18; evalue=3.29e-16; confidence=low
GOGO:0004674 (protein serine/threonine kinase activity); GO:0005886 (plasma membrane); GO:0006468 (protein phosphorylation); GO:0007166 (cell surface receptor signaling pathway)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131011799

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057795626.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.80000 XP_057795628.1
3 Endoplasmic reticulum 内质网 0.20000 XP_057795628.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057795626.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057795626.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:47754222 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A4,B99
Chr2:47754387 GT G 1bp_deletion frameshift_variant 3 A3,B60,C47
Chr2:47754387 GT G 1bp_deletion CDS_variant 3 A3,B60,C47
Chr2:47754454 G GA 1bp_insertion frameshift_variant 5 B129,B41,B91,C12,C74
Chr2:47754454 G GA 1bp_insertion CDS_variant 5 B129,B41,B91,C12,C74
Chr2:47754457 TG T 1bp_deletion frameshift_variant 121 A10,A16,A18,A2,A21,A25,A4,A7,A9,B102,B103,B105,B106,B109,B111,B113,B114,B115,B119,B12,B120,B123,B126,B127,B128,B13,B130,B132,B134,B136,B138,B139,B14,B16,B17,B18,B25,B26,B27,B34,B36,B37,B38,B39,B4,B42,B43,B46,B48,B49,B50,B53,B55,B59,B60,B62,B63,B68,B71,B73,B75,B77,B79,B81,B85,B87,B89,B92,B93,B94,B95,B97,B98,B99,C1,C11,C13,C14,C15,C16,C17,C18,C2,C20,C21,C23,C24,C25,C26,C29,C31,C33,C39,C4,C40,C42,C46,C48,C52,C54,C59,C6,C61,C63,C64,C66,C69,C70,C71,C73,C80,C81,C83,C84,C85,C9,D11,D4,D6,D7,D8
Chr2:47754458 G GT 1bp_insertion frameshift_variant 22 A4,B106,B16,B17,B25,B38,B39,B48,B63,B73,B89,B90,B92,B97,B99,C12,C13,C20,C59,C81,C84,D6
Chr2:47754715 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B69

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XM_057939644.1
GAGTACTTGTTCATACTGGAAAATGGTATCATCTCCTTCCCTTAGGTTATCCAATCCGATCAATTCAATGATGAAGTAGCCATCGAGAATCAGCATTTCCAGAAAGTCATCTGGGCTTGACTCCACAGTCTCTGCATTTCCTGCGATCTCATTGCCGTCACGTACTTATCCACGCTGGACTCTTAGCAGAAGCTTTAGGTACTTGAATTTGTGGTGCTCCATCTTCTGTAGATGGTGTTTGCCATGGTGGAGAGGACCAA...
XM_057939643.1
GAGTACTTGTTCATACTGGAAAATGGTATCATCTCCTTCCCTTAGGTTATCCAATCCGATCAATTCAATGATGAAGTAGCCATCGAGAATCAGCATTTCCAGAAAGTCATCTGGGCTTGACTCCACAGTCTCTGCATTTCCTGCGATCTCATTGCCGTCACGTACTTATCCACGCTGGACTCTTAGCAGAAGCTTTAGGTACTTGAATTTGTGGTGCTCCATCTTCTGTAGATGGTGTTTGCCATGGTGGAGAGGACCAA...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC131011799
ATGAAGCTGCTCGGTTGTTGTCTAGAGACACAAATCCCTTTACTGGTGTACGAATTCGTCCCATATAAGACCCTTCTGGATCACATCAATGCTGAGTGCCTTGCACGTTCTCTCTCATGGGATATTCGTTGCAGATACTGCTGGAGCACTCGCCTATTTGCATTCCGCTACAACAGGTCCAATCATCCATGGAAGCCTCAACAGTTCCAGCATATTGCTGGACCATGCTTATACTGTCAAAGTGAATGTTTTTCTTTAAC...
LOC131011799
ATGAAGCTGCTCGGTTGTTGTCTAGAGACACAAATCCCTTTACTGGTGTACGAATTCGTCCCATATAAGACCCTTCTGGATCACATCAATGCTGAGTGCCTTGCACGTTCTCTCTCATGGGATATTCGTTGCAGATACTGCTGGAGCACTCGCCTATTTGCATTCCGCTACAACAGGTCCAATCATCCATGGAAGCCTCAACAGTTCCAGCATATTGCTGGACCATGCTTATACTGTCAAAGTGAATGTTTTTCTTTAAC...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057795626.1
MKLLGCCLETQIPLLVYEFVPYKTLLDHINAECLARSLSWDIRCRYCWSTRLFAFRYNRSNHPWKPQQFQHIAGPCLYCQSECFSLTCSQCFCVGFSGNVTSSCLNADYVSSGEFIEKSDVCSYGLILAELLTGKSVMSPEWLQGEENLAKYFVGPNRGGELLGILDDRLVTDDDNLCHLTQVAEIAKRCLSSSYQERPTIKEVSIALECLIFRDHRLSLN
XP_057795627.1
MKLLGCCLETQIPLLVYEFVPYKTLLDHINAECLARSLSWDIRCRYCWSTRLFAFRYNRSNHPWKPQQFQHIAGPCLYCQSECFSLTCSQCFCVGFSGNVTSSCLNADYVSSGEFIEKSDVCSYGLILAELLTGKSVMSPEWLQGEENLAKYFVGPNRGGELLGILDDRLVTDDDNLCHLTQVAEIAKRCLSSSYQERPTIKEVSIALECLIFRDHRLSLN

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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