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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G002771

染色体: Chr02 坐标: 47763997-47765413 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G002771
名称SmilChr02G002771
描述uncharacterized SmilChr02G002771
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向47763997 - 47765413 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131011800
GeneID131011800
locus_tag-
NCBI NameLOC131011800
原始查询SmilChr02G002771

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述TPRXL [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838750]; symbol=AT1G21510; hit=AT1G21510; species=arabidopsis; confidence=low
产物TPRXL [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838750]; symbol=AT1G21510; hit=AT1G21510; species=arabidopsis; confidence=low
ArabidopsisAT1G21510 (AT1G21510)
TPRXL [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838750]
identity=28.9; qcov=1.2; evalue=1.03e-11; confidence=low
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131011800

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoskeleton 细胞骨架 1.00000 XP_057795629.1
2 Nucleus 细胞核 0.60000 XP_057795629.1
3 Cell membrane 细胞膜 0.40000 XP_057795629.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057795629.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057795629.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:47764411 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C10
Chr2:47764480 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B132,B32,B6,C63
Chr2:47764548 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 C2,C32,C68,C8
Chr2:47764576 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A10,B118,C82,D4
Chr2:47764690 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C10
Chr2:47764720 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B93
Chr2:47765147 AT A 1bp_deletion frameshift_variant 42 A14,A18,A23,A24,A4,A5,A9,B1,B101,B102,B107,B108,B121,B123,B124,B128,B135,B20,B24,B3,B35,B46,B49,B5,B62,B63,B81,B82,B83,B85,C20,C30,C40,C48,C51,C53,C58,C72,C76,C80,C87,D9

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057939646.1
ACGAAAAAAAGTGAATTATATCATCATTACATAGCAATTTCGACCCACATAACCGTTACTCCCCAACGGGTCAATAACCCGGCAACAAATTTCAAATGATCTGAAAAAGCGTCGCACACCAAAAAAAGGCAAAATTCCACCCAACACCTTTTCACTTTACCTTTAACAAATTTCCCCATATCTCATCACATTATCACACTAATACTATACAACCTTATTAATTCTTCAAGAGACATTTCTCATCAAATTTTCTCGAAACT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131011800
ATGGGTTCTTGCATTAGCAAATGCAAACCTAAGAAGAAAGCCAAGCATGAAGATCCAATTCCAAGCGGCCGCCATCATGTCCTCGTAATCTCAAGAGATCCGCCTCCCGAAATTACCATAATGCCCCCACACAAGCCCTTCTCTCCAGCCCCGTCCACTTCTTCCGCAGCTTCTTTTTCGTCATTTTCATGCTCCGCCACCAGCAAATATTCCGCCGCCATGGCGGCTTCGTCGGTATCATCGTCATCTTCGTCGCTGTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057795629.1
MGSCISKCKPKKKAKHEDPIPSGRHHVLVISRDPPPEITIMPPHKPFSPAPSTSSAASFSSFSCSATSKYSAAMAASSVSSSSSSLSSSSYSTCALRDRSFSNEFLRSCAKEIPHVVNVEKTASFPNKIPSQNLDPLTTKLAPTPKKRARASSPTLVRQKSFRKEQNSPNRGLRSPSPSRRFNGDGNRIFPVQESYYRKPVVSRGNNAPKRESFRAPSPARTPKRELSIAPKTESFRAPAPAIPKRELSISREYSVRKSD...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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