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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G002779

染色体: Chr02 坐标: 47879283-47889343 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G002779
名称SmilChr02G002779
描述peroxisomal ATPase PEX1
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向47879283 - 47889343 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131011809
GeneID131011809
locus_tag-
NCBI NameLOC131011809
原始查询SmilChr02G002779

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述peroxisomal ATPase PEX1
产物peroxisomal ATPase PEX1
ArabidopsisAT5G08470 (PEX1)
peroxisome 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830746]
identity=58.8; qcov=1; evalue=0; confidence=high
RiceOs10g0442600 (OsCDC48E)
-
identity=33; qcov=0.618; evalue=2.31e-80; confidence=low
GOGO:0005524 (ATP binding); GO:0005777 (peroxisome); GO:0005778 (peroxisomal membrane); GO:0005829 (cytosol); GO:0016558 (protein import into peroxisome matrix); GO:0016887 (ATP hydrolysis activity)
KEGGsmil04146 (Peroxisome - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF00004 (AAA); PF09262 (PEX-1N); PF17862 (AAA_lid_3)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131011809

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Peroxisome 过氧化物酶体 1.00000 XP_057795637.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.60000 XP_057795640.1
3 Endoplasmic reticulum 内质网 0.40000 XP_057795639.1
4 Nucleus 细胞核 0.20000 XP_057795638.1
5 Peroxisome membrane 过氧化物酶体膜 0.20000 XP_057795637.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:47879658 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B114,B69,B9,C36
Chr2:47879816 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B74
Chr2:47879970 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr2:47879980 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr2:47880434 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D1
Chr2:47880780 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B41
Chr2:47881084 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B114,B69,B9,C22,C36
Chr2:47881166 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B102,C7
Chr2:47881605 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C41
Chr2:47884708 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 C2,C32,C68,C8
Chr2:47884809 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B18,B26,C41,C70
Chr2:47884862 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 C2,C32,C68,C8

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057795637.1
1129 aa
N
1
564
1129
PEX-1N
AAA
AAA
AAA_lid_3
C
PF09262 PEX-1N 93-166 aa PF00004 AAA 590-734 aa PF00004 AAA 876-1004 aa PF17862 AAA_lid_3 1028-1064 aa
XP_057795638.1
980 aa
N
1
490
980
PEX-1N
AAA
AAA
C
PF09262 PEX-1N 93-166 aa PF00004 AAA 590-734 aa PF00004 AAA 876-963 aa
XP_057795639.1
969 aa
N
1
484
969
PEX-1N
AAA
AAA
C
PF09262 PEX-1N 93-166 aa PF00004 AAA 590-734 aa PF00004 AAA 876-962 aa
XP_057795640.1
922 aa
N
1
461
922
AAA
AAA
AAA_lid_3
C
PF00004 AAA 383-527 aa PF00004 AAA 669-797 aa PF17862 AAA_lid_3 821-857 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057795637.1 Pfam PF09262 PEX-1N Domain 93 166 2.4e-25 89.4 Peroxisome biogenesis factor 1, N-terminal
XP_057795637.1 Pfam PF00004 AAA Domain 590 734 1.8e-57 194.1 ATPase family associated with various cellular activities (AAA)
XP_057795637.1 Pfam PF00004 AAA Domain 876 1004 1.8e-57 194.1 ATPase family associated with various cellular activities (AAA)
XP_057795637.1 Pfam PF17862 AAA_lid_3 Domain 1028 1064 2.1e-13 50.2 AAA+ lid domain
XP_057795638.1 Pfam PF09262 PEX-1N Domain 93 166 5.4e-25 88.2 Peroxisome biogenesis factor 1, N-terminal
XP_057795638.1 Pfam PF00004 AAA Domain 590 734 8.5e-45 153.1 ATPase family associated with various cellular activities (AAA)
XP_057795638.1 Pfam PF00004 AAA Domain 876 963 8.5e-45 153.1 ATPase family associated with various cellular activities (AAA)
XP_057795639.1 Pfam PF09262 PEX-1N Domain 93 166 5.2e-25 88.3 Peroxisome biogenesis factor 1, N-terminal
XP_057795639.1 Pfam PF00004 AAA Domain 590 734 5.4e-44 150.5 ATPase family associated with various cellular activities (AAA)
XP_057795639.1 Pfam PF00004 AAA Domain 876 962 5.4e-44 150.5 ATPase family associated with various cellular activities (AAA)
XP_057795640.1 Pfam PF00004 AAA Domain 383 527 9.8e-58 195.0 ATPase family associated with various cellular activities (AAA)
XP_057795640.1 Pfam PF00004 AAA Domain 669 797 9.8e-58 195.0 ATPase family associated with various cellular activities (AAA)
XP_057795640.1 Pfam PF17862 AAA_lid_3 Domain 821 857 1.2e-13 51.0 AAA+ lid domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA
XM_057939654.1
AATCTCCTGCAGGTGTGCCAGCGCGAAGGGGCCTTTGGGGTGGGATTAGTGGTAGAGAGAAGCGGGTTTGGGCTTTGAAAAGATCCTGATTGGCATTTCGTCCGGGCCGGATTGGCTCGATCCATTGAGCCTGCCTAGAACACGCTTTCCAACAATGGATAAGAGAAGTAAGTCGTGTCTCCTCCTTCCCTTCAATTCTCTTCATCGCACTCACAAACAAATCAAAATCGGAATAAACGCTAATTATTCATATCTCAAAT...
XM_057939655.1
TCTTCATCGCACTCACAAACAAATCAAAATCGGAATAAACGCTAATTATTCATATCTCAAATAACTGGAAACTAGAAACCGCAGGCAACCTCATCCTTCACATATAAAAACCATTTCTTCTGCATTAAAAGTTTAAGCAAAAATTGAAGCTAGTCAGCTATGGAGTTTGAGGTGAGAGCAGTTGGGGGAATCGAAAGCTGCTTTGTCTCTCTTCCTCTCTCTCTCATCCAAACCCTTCAGTCCGGTTACCTCCCTCCAAT...

CDS

4 records

下载 CDS FASTA
LOC131011809
ATGGAGTTTGAGGTGAGAGCAGTTGGGGGAATCGAAAGCTGCTTTGTCTCTCTTCCTCTCTCTCTCATCCAAACCCTTCAGTCCGGTTACCTCCCTCCAATTCTAGCGCTCGAGCTCCGCTCCGACGATCTCCTCTGGCAAGTTGCGTGGTGCGGCGCCGCCTCGTCTTCCCCTTCCTCAATTGAGATGGCTCGTCACTATGCGGATTGCATTGGATTGAGCGATCGGACCACGGTTAAAGTGCGTGTTATCAGTAATTT...
LOC131011809
ATGGAGTTTGAGGTGAGAGCAGTTGGGGGAATCGAAAGCTGCTTTGTCTCTCTTCCTCTCTCTCTCATCCAAACCCTTCAGTCCGGTTACCTCCCTCCAATTCTAGCGCTCGAGCTCCGCTCCGACGATCTCCTCTGGCAAGTTGCGTGGTGCGGCGCCGCCTCGTCTTCCCCTTCCTCAATTGAGATGGCTCGTCACTATGCGGATTGCATTGGATTGAGCGATCGGACCACGGTTAAAGTGCGTGTTATCAGTAATTT...

Protein

4 records

下载 Protein FASTA
XP_057795637.1
MEFEVRAVGGIESCFVSLPLSLIQTLQSGYLPPILALELRSDDLLWQVAWCGAASSSPSSIEMARHYADCIGLSDRTTVKVRVISNLPKATLVTIEPLTEDDWEILELNSELAESVILKQVGVVHEQMKFPLWLHGQSVVTFLVMSIFPQNPVVQLVPGTEVAVAPKRRKKSSLQSPDEGHTIAKAQLRIQDSDNKSIYKYEENGIEMDVVFTFGVFVHPETAKKYSFSSCQLVEISPRSLSKNSKKRLQSRSKSNEKEA...
XP_057795638.1
MEFEVRAVGGIESCFVSLPLSLIQTLQSGYLPPILALELRSDDLLWQVAWCGAASSSPSSIEMARHYADCIGLSDRTTVKVRVISNLPKATLVTIEPLTEDDWEILELNSELAESVILKQVGVVHEQMKFPLWLHGQSVVTFLVMSIFPQNPVVQLVPGTEVAVAPKRRKKSSLQSPDEGHTIAKAQLRIQDSDNKSIYKYEENGIEMDVVFTFGVFVHPETAKKYSFSSCQLVEISPRSLSKNSKKRLQSRSKSNEKEA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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