Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G002785`

染色体: Chr02 坐标: 47926204-47929556 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G002785`
名称	SmilChr02G002785
描述	probable methyltransferase PMT10
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	47926204 - 47929556 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131011815`
GeneID	`131011815`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131011815`
原始查询	`SmilChr02G002785`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	probable methyltransferase PMT10
产物	probable methyltransferase PMT10
Arabidopsis	`AT1G77260` (AT1G77260) S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:844062] identity=55.9; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os01g0846600` - identity=57.4; qcov=0.892; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0005737 (cytoplasm); GO:0005768 (endosome); GO:0005802 (trans-Golgi network); GO:0008168 (methyltransferase activity)
KEGG	-
Pfam	PF03141 (Methyltransf_29); PF08241 (Methyltransf_11)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131011815

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Golgi apparatus	高尔基体	1.00000	`XP_057795646.1`
2	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057795646.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057795646.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057795646.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057795646.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:47926689`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C22
`Chr2:47926746`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr2:47926921`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C85
`Chr2:47926959`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C53,D11
`Chr2:47926969`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B115
`Chr2:47927774`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D3
`Chr2:47927777`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B72
`Chr2:47927914`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C53
`Chr2:47928140`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B72
`Chr2:47928451`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C85
`Chr2:47928484`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B13,C8
`Chr2:47928499`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A24,B114,B69,B9,C78

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057795646.1

637 aa

318

637

Methyltransf_29

Methyltransf_11

PF03141 Methyltransf_29 164-635 aa PF08241 Methyltransf_11 253-347 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057795646.1`	Pfam	`PF03141`	Methyltransf_29	Family	164	635	5.6e-187	623.1	Putative S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase
`XP_057795646.1`	Pfam	`PF08241`	Methyltransf_11	Domain	253	347	7.7e-08	33.6	Methyltransferase domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057939663.1
GGATTATCCAAAATTGGATAATCAATTAGACAGCCCTAATACTGACATAATTACCAGAACATCGTTCGTAATAAAACAACTTAGCGAAACGATTTCAGATTCAGACAAAGAATTTGGTTTCGGGGTTAGGTATCGTCGCTGTAATTCAGCAACGAATCTCAAAACCCCCTATCTCTTTCTCTTTAATCAAAATCTCGCTTTCTCATTCTCTTAATTTTTCTGCATCAGCAAAATCCTTCACACGCAGAAAAAATGAAAGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131011815
ATGAAAGCCATGAACACACTCTCATCATCACCCCACTCCACCAACATCTTAACCTTCACTAAGATCGTATCTTTCTCGCTCCTCTCCTTCTCTCTCTTCTTTATATTCAAATATTTCTCTGCATACACGCCTCCCACAGCCCAGAATCAGCAGCTTTCTTTCTTCAACACCACTCGCGCCGCAACCACCCCTCTAGCGCAGCCGTCGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCGGAGAGGCCACTGCTGGAGAGAACAGGGATCAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057795646.1
MKAMNTLSSSPHSTNILTFTKIVSFSLLSFSLFFIFKYFSAYTPPTAQNQQLSFFNTTRAATTPLAQPSPPPPPPPERPLLERTGIINELGIMTEDFVVGEFDEGLIESIVVVANSSDERESVERGDRKVVKFEKFRICEMNMSNYVPFLDNVDSDFQFNLWEKGKGLDCLVPRPKEYKLHIPWPKSRDEVWFDNVPHTHLDKTNEDAVLRKGDKLVFPGDGPQFIPGTDKYLDQISKMVPEIAFGRHTRVALDISSGLG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器