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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G002808

染色体: Chr02 坐标: 48139510-48141224 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G002808
名称SmilChr02G002808
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At1g09220, mitochondrial-like
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向48139510 - 48141224 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131011838
GeneID131011838
locus_tag-
NCBI NameLOC131011838
原始查询SmilChr02G002808

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At1g09220, mitochondrial-like
产物pentatricopeptide repeat-containing protein At1g09220%2C mitochondrial-like
ArabidopsisAT1G09220 (AT1G09220)
Pentatricopeptide repeat (PPR) superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837442]
identity=47.2; qcov=0.994; evalue=1.46e-147; confidence=high
RiceOs01g0815900
-
identity=48; qcov=0.968; evalue=1.42e-145; confidence=high
GOGO:0003723 (RNA binding); GO:0005515 (protein binding); GO:0009451 (RNA modification)
KEGG-
PfamPF01535 (PPR); PF13041 (PPR_2); PF13812 (PPR_3); PF20431 (E_motif)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131011838

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057795697.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057795697.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057795697.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057795697.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057795697.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:48140147 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B110,B133,B57,C51,C62
Chr2:48140166 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B132,B32,B6,C63
Chr2:48140230 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C74
Chr2:48140256 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A22,B127,B23
Chr2:48140275 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C7
Chr2:48140295 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B16,B90,C13,C49,C5
Chr2:48140346 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B53,B88
Chr2:48140403 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B10,B74,C4,C43,D9
Chr2:48140406 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B101,B118
Chr2:48140459 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B103,B66,B87,C4
Chr2:48140551 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B60
Chr2:48140560 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A5,B15,B4,C78

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057795697.1
467 aa
N
1
234
467
PPR
PPR
PPR
PPR_2
PPR
PPR
PPR_3
PPR_2
PPR
PPR
PPR
E_motif
C
PF01535 PPR 47-70 aa PF01535 PPR 122-148 aa PF01535 PPR 150-180 aa PF13041 PPR_2 178-222 aa PF01535 PPR 181-207 aa PF01535 PPR 255-277 aa PF13812 PPR_3 283-330 aa PF13041 PPR_2 284-331 aa PF01535 PPR 286-316 aa PF01535 PPR 321-348 aa PF01535 PPR 359-378 aa PF20431 E_motif 400-459 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057795697.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 47 70 3.2e-50 165.6 PPR repeat
XP_057795697.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 122 148 3.2e-50 165.6 PPR repeat
XP_057795697.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 150 180 3.2e-50 165.6 PPR repeat
XP_057795697.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 178 222 4.6e-49 165.0 PPR repeat family
XP_057795697.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 181 207 3.2e-50 165.6 PPR repeat
XP_057795697.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 255 277 3.2e-50 165.6 PPR repeat
XP_057795697.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 283 330 1.5e-18 67.3 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057795697.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 284 331 4.6e-49 165.0 PPR repeat family
XP_057795697.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 286 316 3.2e-50 165.6 PPR repeat
XP_057795697.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 321 348 3.2e-50 165.6 PPR repeat
XP_057795697.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 359 378 3.2e-50 165.6 PPR repeat
XP_057795697.1 Pfam PF20431 E_motif Repeat 400 459 1.1e-13 51.9 E motif

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057939714.1
AGCAACTCACAAGACCCTCGTCATTTTTTGTTAAGAAATATTGTTTGAAAACTAAATTTCAACATATTGATAGAAAGTATTAAGAAAAGAGCCGCTTCTGCTTGCGCTTAACCAAATAATTATAAATTGTGTACACATTTACTGCTCGAATATTCTGTGCATACGTTTTTGTAACCTTGATGTGATGTTGGAGGGAGCGTTTGATTTCTCCAACTGTTTGATAAAATGTCTACTAGGCAAAGCCAGTACAACCATCTTCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131011838
ATGTCTACTAGGCAAAGCCAGTACAACCATCTTCTCTCCCTACTCCACAAACACAGCCATCGCCGCCGCGCCATTCAGCAAATCCACTGCCACCTTCTCCTCACAAATCCACTCCTCAACCACAGAATTTGCTTGCTTGTTCTCTGGAACTCCCTAATCAAGCACTACGCACTCGGCACATTCCCACAAGATGCTCTCTCTCTCTTCAAATATATCGGGAATCAAAGGAATCCCTTTTCCTTCGATACCTTTACTTACTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057795697.1
MSTRQSQYNHLLSLLHKHSHRRRAIQQIHCHLLLTNPLLNHRICLLVLWNSLIKHYALGTFPQDALSLFKYIGNQRNPFSFDTFTYSYLIKACANMNTPDVGNQLHCLSTKVGFHTNLHVQTALVNMYADSGYLVEARKVFDEMPERNLVTWNVLLTGFVKWGEIGLARAVFDAMPEKNVVSWTGMIDGYTRVNRFHDALNLFRTMVVHQGIRPTEVTLLALFPSIWNVGSLEFCQMIHGYTEKSGLNMMDVRVVNCLID...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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