Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G002824`

染色体: Chr02 坐标: 48351833-48353005 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G002824`
名称	SmilChr02G002824
描述	protein FAR1-RELATED SEQUENCE 9-like
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	48351833 - 48353005 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131009643`
GeneID	`131009643`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131009643`
原始查询	`SmilChr02G002824`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	protein FAR1-RELATED SEQUENCE 9-like
产物	protein FAR1-RELATED SEQUENCE 9-like
Arabidopsis	`AT4G38180` (FRS5) FAR1-related sequence 5 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829974] identity=28.7; qcov=0.644; evalue=8.88e-28; confidence=low
Rice	`Os06g0166100` - identity=26.9; qcov=0.762; evalue=3.23e-32; confidence=low
GO	GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription); GO:0008270 (zinc ion binding)
KEGG	-
Pfam	PF04434 (SWIM)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131009643

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057793039.1`
2	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057793039.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057793039.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057793039.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057793039.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:48351841`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A16,B19,B50,B91,C78
`Chr2:48351859`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B85
`Chr2:48351875`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B137,B89,C53,C55,C7
`Chr2:48351887`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A25,B33,C3,C38
`Chr2:48351893`	`A`	`AC`	1bp_insertion	frameshift_variant	3	B3,B30,C87
`Chr2:48351893`	`A`	`AC`	1bp_insertion	CDS_variant	3	B3,B30,C87
`Chr2:48351900`	`T`	`TGA`	2bp_insertion	frameshift_variant	1	B56
`Chr2:48351900`	`T`	`TGA`	2bp_insertion	CDS_variant	1	B56
`Chr2:48351963`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	6	A14,A16,B101,B54,C30,C37
`Chr2:48351977`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B10,C43,D9
`Chr2:48352015`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B59,D3
`Chr2:48352051`	`GC`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	4	B107,B77,C20,C78

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057793039.1

390 aa

195

390

SWIM

PF04434 SWIM 175-202 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057793039.1`	Pfam	`PF04434`	SWIM	Domain	175	202	6e-05	23.2	SWIM zinc finger

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057937056.1
ATGAATGGTTGTGAAAGCGAGGAAGAATTTGAAACTACTTGGCTTAGTTTGATTGTAGAGCACAACTTGTCGAAGAATAGATGGTTTTCAACCATGTATAATTTGAGGAAGCGTTGGTCCTCCGCTTTCATTAGAGATAAATTTTCCGGTGGTTTACATGCGACATCTCGAAGTGAAGTTACGAATAAAATAATCAAAGATTTGTGTAGCTCGACCTCTACCTTTTATGATTTTGTCATTGGTTTTGAACGCATTCTGAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131009643
ATGAATGGTTGTGAAAGCGAGGAAGAATTTGAAACTACTTGGCTTAGTTTGATTGTAGAGCACAACTTGTCGAAGAATAGATGGTTTTCAACCATGTATAATTTGAGGAAGCGTTGGTCCTCCGCTTTCATTAGAGATAAATTTTCCGGTGGTTTACATGCGACATCTCGAAGTGAAGTTACGAATAAAATAATCAAAGATTTGTGTAGCTCGACCTCTACCTTTTATGATTTTGTCATTGGTTTTGAACGCATTCTGAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057793039.1
MNGCESEEEFETTWLSLIVEHNLSKNRWFSTMYNLRKRWSSAFIRDKFSGGLHATSRSEVTNKIIKDLCSSTSTFYDFVIGFERILKNWRRTEFEEDALCRGTPGMFVQQSGILVQVAELCTRNIFRSFEYESLHTVSVKMTHEPPDLNDEVLVFKVFSRLAVTGFRTVRFNQESEMAWCSCHMWETEGIMCRHLFRVYFHLNMDSVPPEMLLKRWRRDSKERVAPIDDASDEWGTNNLSNTIFVNHNTKRVYDILAECK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器