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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G002831

染色体: Chr02 坐标: 48438113-48440131 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G002831
名称SmilChr02G002831
描述uncharacterized SmilChr02G002831
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向48438113 - 48440131 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131011858
GeneID131011858
locus_tag-
NCBI NameLOC131011858
原始查询SmilChr02G002831

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131011858

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endoplasmic reticulum 内质网 0.80000 XP_057795719.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.20000 XP_057795719.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057795719.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057795719.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057795719.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:48438642 C CA 1bp_insertion frameshift_variant 35 A6,B100,B103,B109,B123,B128,B136,B139,B33,B38,B5,B55,B70,B83,B84,B85,B89,C11,C16,C20,C22,C23,C27,C29,C35,C49,C53,C73,C74,C75,C81,C87,C9,D7,D8
Chr2:48439187 AT A 1bp_deletion frameshift_variant 6 B62,B77,B90,B92,C37,C63
Chr2:48439206 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 7 A25,B134,B39,C13,C59,C84,D10
Chr2:48439243 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B13,B65,B73,C25
Chr2:48439297 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B118,B34
Chr2:48439316 AT A 1bp_deletion frameshift_variant 3 B23,B35,C3
Chr2:48439316 AT A 1bp_deletion CDS_variant 3 B23,B35,C3
Chr2:48439338 T TC 1bp_insertion frameshift_variant 168 A1,A10,A14,A15,A16,A18,A2,A20,A22,A23,A25,A4,A7,A8,A9,B10,B101,B102,B103,B104,B105,B106,B11,B110,B111,B112,B114,B115,B117,B118,B12,B124,B125,B126,B13,B132,B133,B135,B137,B140,B15,B16,B19,B2,B20,B21,B22,B24,B25,B27,B28,B29,B31,B32,B33,B35,B36,B37,B4,B40,B41,B42,B44,B45,B46,B5,B50,B51,B52,B53,B54,B55,B57,B6,B60,B61,B64,B65,B67,B68,B69,B71,B72,B73,B74,B76,B78,B79,B8,B80,B81,B82,B83,B84,B86,B87,B9,B90,B92,B93,B94,B96,B97,B99,C1,C10,C12,C13,C14,C15,C16,C17,C19,C2,C22,C23,C27,C28,C29,C3,C30,C31,C32,C33,C35,C36,C38,C39,C4,C40,C41,C44,C47,C49,C52,C53,C54,C55,C58,C59,C6,C62,C65,C67,C68,C69,C7,C71,C73,C74,C77,C8,C80,C81,C82,C84,C9,D1,D10,D11,D2,D3,D4,D5,D6,D7,D8,D9
Chr2:48439392 CTG C 2bp_deletion frameshift_variant 1 B6
Chr2:48439392 CTG C 2bp_deletion CDS_variant 1 B6
Chr2:48439831 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B32
Chr2:48439884 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B104,B129,C11,C69

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XM_057939737.1
TTTTCTATAAGGTTATCTATCCCTGTGCGTAGCTCGATTTCTTCATTTACGCCCAAGTTGGTTGTACTTATTATTGCTAATGTTGATGAATTAAGCTCATTGTGATGAAACATAATAACTCTAGTGAAAGTTTGAACTTCGGAAGTCAGAATCCCGTAGGAGGCTCACTATCTGTTCTCAACTTATCAGAAGTTGTGACTGGCAACATTGTTAATATACACCATATCACAGATGCTGTTGTTGCTGCATGGATATTGAAC...
XM_057939738.1
TTTTCTATAAGGTTATCTATCCCTGTGCGTAGCTCGATTTCTTCATTTACGCCCAAGTTGGTTGTACTTATTATTGCTAATGTTGATGAATTAAGCTCATTGTGATGAAACATAATAACTCTAGTGAAAGTTTGAACTTCGGAAGTCAGAATCCCGTAGGAGGCTCACTATCTGTTCTCAACTTATCAGAAGTTGTGACTGGCAACATTGTTAATATACACCATATCACAGATGCTGTTGTTGCTGCATGGATATTGAAC...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC131011858
ATGAAACATAATAACTCTAGTGAAAGTTTGAACTTCGGAAGTCAGAATCCCGTAGGAGGCTCACTATCTGTTCTCAACTTATCAGAAGTTGTGACTGGCAACATTGTTAATATACACCATATCACAGATGCTGTTGTTGCTGCATGGATATTGAACGTCACCCTTGTTGTCCCCAAATTGACCAGAAGTCTTTCTGGAAAGATGTTTGGTTCGGGTTTTGCTTCAAAGAGATGTTCTTGTTTGGGCAGTTTGTGGCTTTT...
LOC131011858
ATGAAACATAATAACTCTAGTGAAAGTTTGAACTTCGGAAGTCAGAATCCCGTAGGAGGCTCACTATCTGTTCTCAACTTATCAGAAGTTGTGACTGGCAACATTGTTAATATACACCATATCACAGATGCTGTTGTTGCTGCATGGATATTGAACGTCACCCTTGTTGTCCCCAAATTGACCAGAAGTCTTTCTGGAAAGATGTTTGGTTCGGGTTTTGCTTCAAAGAGATGTTCTTGTTTGGGCAGTTTGTGGCTTTT...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057795719.1
MKHNNSSESLNFGSQNPVGGSLSVLNLSEVVTGNIVNIHHITDAVVAAWILNVTLVVPKLTRSLSGKMFGEILVHREILFKITSSYRLNVSIRYSKFLEIYLRCRLVYILILKRM
XP_057795720.1
MKHNNSSESLNFGSQNPVGGSLSVLNLSEVVTGNIVNIHHITDAVVAAWILNVTLVVPKLTRSLSGKMFGSGFASKRCSCLGSLWLFMIGSLGSFQ

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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