Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G002833`

染色体: Chr02 坐标: 48475082-48484788 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G002833`
名称	SmilChr02G002833
描述	protein CELLULOSE SYNTHASE INTERACTIVE 3
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	48475082 - 48484788 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131011860`
GeneID	`131011860`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131011860`
原始查询	`SmilChr02G002833`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	protein CELLULOSE SYNTHASE INTERACTIVE 3
产物	protein CELLULOSE SYNTHASE INTERACTIVE 3
Arabidopsis	`AT1G77460` (AT1G77460) CELLULOSE SYNTHASE INTERACTIVE 3 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:844082] identity=62.9; qcov=0.986; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os11g0183800` (CSIL2) - identity=62.5; qcov=0.496; evalue=0; confidence=medium
GO	GO:0008017 (microtubule binding); GO:0010330 (cellulose synthase complex); GO:0051211 (anisotropic cell growth); GO:2001006 (regulation of cellulose biosynthetic process)
KEGG	-
Pfam	PF00168 (C2)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131011860

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cell membrane	细胞膜	0.80000	`XP_057795723.1`
2	Cytosol	细胞质基质	0.40000	`XP_057795723.1`
3	Nucleus	细胞核	0.20000	`XP_057795726.1`
4	Cytoplasm	细胞质	0.20000	`XP_057795726.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057795723.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:48477086`	`TG`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	C75
`Chr2:48477086`	`TG`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	1	C75
`Chr2:48477553`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A3
`Chr2:48478184`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C37
`Chr2:48478268`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B31,C36,D5
`Chr2:48478273`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B103
`Chr2:48478333`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C53
`Chr2:48478473`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A23,C5
`Chr2:48479059`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C21
`Chr2:48479135`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D3
`Chr2:48479876`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B64
`Chr2:48479927`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A3,B60

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057795723.1

2218 aa

1109

2218

PF00168 C2 2008-2107 aa

XP_057795724.1

2218 aa

1109

2218

PF00168 C2 2008-2107 aa

XP_057795725.1

2218 aa

1109

2218

PF00168 C2 2008-2107 aa

XP_057795726.1

2081 aa

1040

2081

PF00168 C2 2008-2077 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057795723.1`	Pfam	`PF00168`	C2	Domain	2008	2107	8.4e-14	52.4	C2 domain
`XP_057795724.1`	Pfam	`PF00168`	C2	Domain	2008	2107	8.4e-14	52.4	C2 domain
`XP_057795725.1`	Pfam	`PF00168`	C2	Domain	2008	2107	8.4e-14	52.4	C2 domain
`XP_057795726.1`	Pfam	`PF00168`	C2	Domain	2008	2077	1.4e-08	35.6	C2 domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA

XM_057939743.1
CAAAAGGGAACATGAAAAAGACAGGGAAAGAGAACGAAAGAAAATGAAAATATGGAAAACCCACCACTCTCTCTCCTTTCCTCCCTTTCTACCTCCATTGACGATTTTCTCGAGTTAATAATTCCCCAAATTTTCTTCACATTTTTAGCTCATTAATTTCTTAATTCACGTCAATTCATGGATTTTGTCAATTTGGTGTGATTCGATTGGATTGCCCCTCGCATAGAATAATGTTTCACCTGATCCGATCTCTCTGTCAT...

XM_057939742.1
AAAAGGGAACATGAAAAAGACAGGGAAAGAGAACGAAAGAAAATGAAAATATGGAAAACCCACCACTCTCTCTCCTTTCCTCCCTTTCTACCTCCATTGACGATTTTCTCGAGTTAATAATTCCCCAAATTTTCTTCACATTTTTAGCTCATTAATTTCTTAATTCACGTCAATTCATGGATTTTGTCAATTTGGTGTGATTCGATTGGATTGCCCCTCGCATAGAATAATGTTTCACCTGATCCGATCTCTCTGTCATC...

CDS

4 records

下载 CDS FASTA

LOC131011860
ATGTCGAGGATATATAATGTTGGAAAGAAGGAGAAAAACCCTTCAACTCTGTGGCAAAAGAATCAGGATTCAAATGGAGCTGCTGAAGCTGCTGATACAGATGATTCAGATAAGGCGATCACGAGAGTTGCTCAATTAATTGAACAACTACATTCTAACGCATCCTCATATGAGAAGGAGCTCACTACAACTCGTTTGCTAGGTATAGCCAGAGCAAGAAAGGAAGGAAGAGCTCTTATTGGATCTCATGGTCAGGCAAT...

Protein

4 records

下载 Protein FASTA

XP_057795723.1
MSRIYNVGKKEKNPSTLWQKNQDSNGAAEAADTDDSDKAITRVAQLIEQLHSNASSYEKELTTTRLLGIARARKEGRALIGSHGQAMPLLVSILRNGSLLAKINVAATLSALCKEEDLRLKVLLGGCIPHLLSLLKSDATEARKAAAEALCEVSSGGLSDDHVGMKIFVTEGVVSSLWEALNAKYKQEKVVEGFITGALRNLCGDKNGTLMKTLDAGAVDVIVNLLHSDNIVAQSNAASLLARLVFAFTDTIPKIIDSGV...

XP_057795724.1
MSRIYNVGKKEKNPSTLWQKNQDSNGAAEAADTDDSDKAITRVAQLIEQLHSNASSYEKELTTTRLLGIARARKEGRALIGSHGQAMPLLVSILRNGSLLAKINVAATLSALCKEEDLRLKVLLGGCIPHLLSLLKSDATEARKAAAEALCEVSSGGLSDDHVGMKIFVTEGVVSSLWEALNAKYKQEKVVEGFITGALRNLCGDKNGTLMKTLDAGAVDVIVNLLHSDNIVAQSNAASLLARLVFAFTDTIPKIIDSGV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器