当前解析结果
SmilChr02G002838| 统一新 Gene ID | SmilChr02G002838 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr02G002838 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr02G002838 |
| 染色体 / SeqID | Chr02 / NC_080388.1 |
| 坐标与链方向 | 48513143 - 48513604 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131009648 |
|---|---|
| GeneID | 131009648 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131009648 |
| 原始查询 | SmilChr02G002838 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | confidence=no_hit |
| 产物 | confidence=no_hit |
| Arabidopsis | -- |
| Rice | -- |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF14303 (NAM-associated) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131009648 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057793042.1 |
| 2 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057793042.1 |
| 3 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057793042.1 |
| 4 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057793042.1 |
| 5 | Telomere | 端粒 | 0.00000 | XP_057793042.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr2:48513153 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A23,C5,C74 |
Chr2:48513167 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 57 | A1,A25,A3,A6,B102,B106,B112,B115,B118,B12,B126,B136,B138,B140,B16,B17,B2,B25,B31,B34,B36,B44,B46,B49,B51,B55,B60,B61,B79,B87,B90,B92,B93,C12,C16,C17,C19,C2,C20,C21,C23,C24,C3,C39,C45,C50,C54,C61,C63,C71,C73,C81,D3,D4,D6,D7,D8 |
Chr2:48513190 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 154 | A1,A10,A13,A14,A16,A18,A2,A20,A22,A24,A4,A5,A9,B1,B10,B101,B107,B108,B11,B110,B114,B115,B117,B12,B121,B122,B124,B125,B127,B128,B129,B131,B132,B133,B134,B135,B136,B137,B14,B140,B15,B18,B21,B22,B23,B26,B27,B28,B3,B30,B31,B32,B33,B35,B37,B38,B39,B4,B42,B43,B44,B46,B48,B5,B52,B53,B54,B57,B58,B59,B6,B62,B64,B65,B66,B67,B68,B70,B71,B73,B74,B76,B77,B78,B8,B80,B82,B84,B85,B88,B9,B91,B94,B95,B98,C1,C10,C11,C13,C14,C15,C17,C19,C20,C24,C25,C26,C27,C29,C31,C33,C37,C41,C42,C44,C45,C46,C48,C49,C51,C52,C53,C54,C55,C57,C59,C6,C60,C61,C62,C63,C64,C66,C67,C69,C7,C74,C76,C77,C79,C8,C80,C82,C83,C84,C85,C87,D1,D10,D2,D5,D7,D8,D9 |
Chr2:48513207 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A24,C78 |
Chr2:48513231 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A4,C52,D8 |
Chr2:48513243 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A23,A24,C5,C78 |
Chr2:48513245 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A5,B132,B32,C78 |
Chr2:48513283 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A23,C5 |
Chr2:48513288 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B131,B26,C5 |
Chr2:48513297 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A3,B60 |
Chr2:48513306 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A5,B132,B32,C78 |
Chr2:48513337 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B117,B24 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057793042.1PF14303
NAM-associated 8-135 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057793042.1 |
Pfam | PF14303 |
NAM-associated | Family | 8 | 135 | 6.9e-10 | 40.7 | No apical meristem-associated C-terminal domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。