Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G002844

染色体: Chr02 坐标: 48578082-48580292 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G002844
名称SmilChr02G002844
描述uncharacterized SmilChr02G002844
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向48578082 - 48580292 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131011867
GeneID131011867
locus_tag-
NCBI NameLOC131011867
原始查询SmilChr02G002844

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os02g0328500; species=rice; confidence=low
产物hit=Os02g0328500; species=rice; confidence=low
Arabidopsis-
-
RiceOs02g0328500
-
identity=27.8; qcov=0.492; evalue=6.47e-17; confidence=low
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131011867

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057795733.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057795733.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057795733.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057795733.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057795733.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:48579045 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B64
Chr2:48579050 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D9
Chr2:48579068 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B73,B90,C69
Chr2:48579092 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 1 C34
Chr2:48579092 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C34
Chr2:48579097 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A16,C30
Chr2:48579165 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B1,B45,B93,C1,C87
Chr2:48579179 C CG 1bp_insertion frameshift_variant 4 B104,B108,B115,C61
Chr2:48579179 C CG 1bp_insertion CDS_variant 4 B104,B108,B115,C61
Chr2:48579187 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B73
Chr2:48579190 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B61,B72,B73
Chr2:48579215 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B62,C50,D3

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057939750.1
GAATGTTCCACTTCAAATATCTTGTTTCATTTTATGGAAAAAAATAATTTCAATAAGTGAGAATTTTTGGAATCCACGTCATAATTTCAAAACTATATGTCACATCATTTTATAATCTAATTAACATCTTAAATAAAGTTTCATAAAATTCTCGAAATCATAATGAATGAATGGGAGTGGGTATGCATGCAACCCTGAATCAGAATAGTACTACTTCCTATGTCCACGGAATAGGTATAAGGGCCTGTTTTGTAGATTCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131011867
ATGACCATGAGTGAGACGCAGCAAGGCAGTAGCGATGTTTCTCGTGGAATGGCATCTAAGCCGGAGAAGACTCGCCGAAGCTGGACGAGTAGGGATGAGGAGATGTTGTTGGCGTCACTGAAGGAACTAGTTGCTCAAGGATGGAAGGCTGACAATGGGTTTCGGGCGGGCTACCTTCTAAAGCTGGAGGAGGCGATGCGCAAGGAATTTATCGGGACTGACATCAAAGGAATGCCACATATCAATTCCAAAATAAGCGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057795733.1
MTMSETQQGSSDVSRGMASKPEKTRRSWTSRDEEMLLASLKELVAQGWKADNGFRAGYLLKLEEAMRKEFIGTDIKGMPHINSKISAWKKSYNSLLAALDVSGVGFNAKGTFMLDCDNDQWEQILKKDRNASKMRFKSWPMLEGWKEVFGKDRANGTGAEDIMEAMHTMYQADNLAKGGDHLGQQGGDGFNHDVNEEETASVDGEDSVCFDDKKSASAKKIGKKRKASAGDEMNGVYAWLGEISRDTKERLENLSTRIGY...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器