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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G002845

染色体: Chr02 坐标: 48594339-48599625 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G002845
名称SmilChr02G002845
描述probable L-ascorbate peroxidase 6, chloroplastic/mitochondrial
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向48594339 - 48599625 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131011869
GeneID131011869
locus_tag-
NCBI NameLOC131011869
原始查询SmilChr02G002845

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述probable L-ascorbate peroxidase 6, chloroplastic/mitochondrial
产物probable L-ascorbate peroxidase 6%2C chloroplastic/mitochondrial
ArabidopsisAT1G77490 (TAPX)
thylakoidal ascorbate peroxidase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:844085]
identity=78.8; qcov=0.918; evalue=0; confidence=high
RiceOs02g0553200 (APX8)
-
identity=85.7; qcov=0.745; evalue=3.5e-179; confidence=high
GOGO:0000302 (response to reactive oxygen species); GO:0004601 (peroxidase activity); GO:0020037 (heme binding); GO:0034599 (cellular response to oxidative stress); GO:0042744 (hydrogen peroxide catabolic process)
KEGGsmil00053 (Ascorbate and aldarate metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil00480 (Glutathione metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF00141 (peroxidase)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131011869

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Chloroplast 叶绿体 1.00000 XP_057795736.1
2 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057795741.1
3 Chloroplast stroma 叶绿体基质 0.40000 XP_057795736.1
4 Chloroplast thylakoid 类囊体 0.20000 XP_057795738.1
5 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057795736.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:48594596 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A13,B108,C10,C23,C57
Chr2:48594619 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C5
Chr2:48594812 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C74
Chr2:48594820 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C74
Chr2:48594878 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C5
Chr2:48595836 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B22
Chr2:48595912 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 1 B74
Chr2:48595912 TC T 1bp_deletion CDS_variant 1 B74
Chr2:48598319 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr2:48599142 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C5
Chr2:48599227 CT C 1bp_deletion frameshift_variant 29 A24,A3,A7,B10,B106,B121,B13,B2,B28,B39,B48,B60,B63,B67,B73,B8,B84,B89,B97,C13,C15,C59,C77,C78,C79,C80,C81,C84,D2

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057795736.1
423 aa
N
1
212
423
peroxidase
C
PF00141 peroxidase 83-314 aa
XP_057795737.1
422 aa
N
1
211
422
peroxidase
C
PF00141 peroxidase 82-313 aa
XP_057795738.1
415 aa
N
1
208
415
peroxidase
C
PF00141 peroxidase 83-314 aa
XP_057795739.1
414 aa
N
1
207
414
peroxidase
C
PF00141 peroxidase 82-313 aa
XP_057795740.1
366 aa
N
1
183
366
peroxidase
C
PF00141 peroxidase 83-314 aa
XP_057795741.1
365 aa
N
1
182
365
peroxidase
C
PF00141 peroxidase 82-313 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057795736.1 Pfam PF00141 peroxidase Domain 83 314 1e-45 157.1 Peroxidase
XP_057795737.1 Pfam PF00141 peroxidase Domain 82 313 1e-45 157.1 Peroxidase
XP_057795738.1 Pfam PF00141 peroxidase Domain 83 314 9.2e-46 157.3 Peroxidase
XP_057795739.1 Pfam PF00141 peroxidase Domain 82 313 9.2e-46 157.3 Peroxidase
XP_057795740.1 Pfam PF00141 peroxidase Domain 83 314 6.7e-46 157.7 Peroxidase
XP_057795741.1 Pfam PF00141 peroxidase Domain 82 313 6.7e-46 157.7 Peroxidase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

6 records

下载 cDNA FASTA
XM_057939755.1
ATAATATTTCAATTTAATTCAACCAAAAACAGCCATTGAGCAAAAGAACATTCTACACAAACCTAATTTAAATTGAAAAAGATGATCGTAATAAGAAATCCGCTTGAATTACTTGATAGAATTGGAGGAAAGAAAACAGCATAGAGCCTCCGAGTCTACGAGCCTCCACACGCATCCACCAAATCCGCAACAAAAGGCCACCACAGCCCTGCCAACGACTGATTGTCTGACATTCAACTACTGCAGCTATGACTTCTCTC...
XM_057939757.1
AACCAAAAACAGCCATTGAGCAAAAGAACATTCTACACAAACCTAATTTAAATTGAAAAAGATGATCGTAATAAGAAATCCGCTTGAATTACTTGATAGAATTGGAGGAAAGAAAACAGCATAGAGCCTCCGAGTCTACGAGCCTCCACACGCATCCACCAAATCCGCAACAAAAGGCCACCACAGCCCTGCCAACGACTGATTGTCTGACATTCAACTACTGCAGCTATGACTTCTCTCTCCACCGCTGCCGCCGCCGC...

CDS

6 records

下载 CDS FASTA
LOC131011869
ATGACTTCTCTCTCCACCGCTGCCGCCGCCGCCACTCGCCTCCTTCCTTCAGTCTCAATCTCCGCCACCAGGCTCTCGTACCGCTCCTCCGTTTCTCTCGGTTCCCTCAGATCGTCGCCTCTCCTCTCTCGCATTTTCCTTCCGCAGAAGAGCTCTCTGCGGCGGTTATCGACTAGTAGAATTGGCTATTCGACTGTGTCGTCGCCGAAATGTGCGGCGTCGGACCCCGAGCAGCTGAAGAGCGCTCGTGAGGATATAAA...
LOC131011869
ATGACTTCTCTCTCCACCGCTGCCGCCGCCGCCACTCGCCTCCTTCCTTCAGTCTCAATCTCCGCCACCAGGCTCTCGTACCGCTCCTCCGTTTCTCTCGGTTCCCTCAGATCGTCGCCTCTCCTCTCTCGCATTTTCCTTCCGCAGAGCTCTCTGCGGCGGTTATCGACTAGTAGAATTGGCTATTCGACTGTGTCGTCGCCGAAATGTGCGGCGTCGGACCCCGAGCAGCTGAAGAGCGCTCGTGAGGATATAAAGGA...

Protein

6 records

下载 Protein FASTA
XP_057795736.1
MTSLSTAAAAATRLLPSVSISATRLSYRSSVSLGSLRSSPLLSRIFLPQKSSLRRLSTSRIGYSTVSSPKCAASDPEQLKSAREDIKELLKTKFCHPIMVRLGWHDAGTYNKNIEEWPQRGGANGSLRFEIELKHGANAGLVNALKLLQPIKDKYSNVTYADLFQLASATAIEEAGGPKIPMKYGRVDVSGPEQCPEEGRLPDAGPPSPASHLRDVFYRMGLNDKEIVALSGAHTLGRSRPERSGWGKPETKYTKDGPGA...
XP_057795737.1
MTSLSTAAAAATRLLPSVSISATRLSYRSSVSLGSLRSSPLLSRIFLPQSSLRRLSTSRIGYSTVSSPKCAASDPEQLKSAREDIKELLKTKFCHPIMVRLGWHDAGTYNKNIEEWPQRGGANGSLRFEIELKHGANAGLVNALKLLQPIKDKYSNVTYADLFQLASATAIEEAGGPKIPMKYGRVDVSGPEQCPEEGRLPDAGPPSPASHLRDVFYRMGLNDKEIVALSGAHTLGRSRPERSGWGKPETKYTKDGPGAP...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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