当前解析结果
SmilChr02G002850| 统一新 Gene ID | SmilChr02G002850 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr02G002850 |
| 描述 | IAA-amino acid hydrolase ILR1-like 6 |
| 染色体 / SeqID | Chr02 / NC_080388.1 |
| 坐标与链方向 | 48674009 - 48677934 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131011873 |
|---|---|
| GeneID | 131011873 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131011873 |
| 原始查询 | SmilChr02G002850 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | IAA-amino acid hydrolase ILR1-like 6 |
| 产物 | IAA-amino acid hydrolase ILR1-like 6 |
| Arabidopsis | AT1G44350 (ILL6)IAA-amino acid hydrolase ILR1-like 6 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841026] identity=60.8; qcov=0.96; evalue=0; confidence=high |
| Rice | Os06g0691400 (ILL6)- identity=65.7; qcov=0.808; evalue=0; confidence=high |
| GO | GO:0005783 (endoplasmic reticulum); GO:0009694 (jasmonic acid metabolic process); GO:0009850 (auxin metabolic process); GO:0010179 (IAA-Ala conjugate hydrolase activity) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF01546 (Peptidase_M20) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131011873 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Vacuole | 液泡 | 0.60000 | XP_057795744.1 |
| 2 | Endoplasmic reticulum | 内质网 | 0.40000 | XP_057795744.1 |
| 3 | Endoplasmic reticulum lumen | 内质网腔 | 0.20000 | XP_057795744.1 |
| 4 | Peroxisome | 过氧化物酶体 | 0.20000 | XP_057795744.1 |
| 5 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057795744.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr2:48674325 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B64,C29,C51,C6 |
Chr2:48674422 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C33 |
Chr2:48675051 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C39,D4 |
Chr2:48675266 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C74 |
Chr2:48676930 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B112,C34 |
Chr2:48676951 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B131 |
Chr2:48676963 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B10,C43,D9 |
Chr2:48677398 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C43,D9 |
Chr2:48677411 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D10 |
Chr2:48677459 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D8 |
Chr2:48677552 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B10,C43 |
Chr2:48677642 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B30,B34,C26,C37 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057795744.1PF01546
Peptidase_M20 158-473 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057795744.1 |
Pfam | PF01546 |
Peptidase_M20 | Family | 158 | 473 | 1.1e-44 | 153.6 | Peptidase family M20/M25/M40 |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。