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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G002861

染色体: Chr02 坐标: 48786703-48790314 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G002861
名称SmilChr02G002861
描述uncharacterized protein At4g08330, chloroplastic
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向48786703 - 48790314 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131011886
GeneID131011886
locus_tag-
NCBI NameLOC131011886
原始查询SmilChr02G002861

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:826387]; symbol=AT4G08330; hit=AT4G08330; species=arabidopsis; confidence=high
产物uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:826387]; symbol=AT4G08330; hit=AT4G08330; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT4G08330 (AT4G08330)
uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:826387]
identity=67.7; qcov=0.818; evalue=1.61e-54; confidence=high
RiceOs01g0833400
-
identity=55.9; qcov=0.855; evalue=1.39e-48; confidence=medium
GO-
KEGG-
PfamPF24046 (At4g08330)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131011886

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057795759.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.20000 XP_057795759.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057795759.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057795759.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057795759.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:48789784 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B95,C53,D10
Chr2:48789964 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B1

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057795759.1
159 aa
N
1
80
159
At4g08330
C
PF24046 At4g08330 20-149 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057795759.1 Pfam PF24046 At4g08330 Domain 20 149 3.6e-56 189.4 At4g08330 beta-tent

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057939776.1
TTTTTGGTAATAATATTGCAATACAAGTAAAAGGTCACCTCCCAAAATTTCAGGCGAATCAAAATTAAATCCACCGAGATCGAGGCAGACACATATACCATCACAGGCATAGTCAATCCCAAACCTCTCTCCGGTTAGCTCCCCTGCAGTGACTCCAGTGGCACCTACAATCGCCCTACAATAACACAATTATCACAAAATAGTCACAGTAGAGAACCCGCTCTGGATTCTTACCCAGGTAACTGTCATTGGATCCTCTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131011886
ATGCAGACTTCCGATGGTTATTCTTCGAATTCTCAGTTTTCAGCCTCGTTCGCAGGTTCGCGGCGAGATGTTACTTACAGCTGTGGTTCCTGTGGCTATGATTTAAACCTGAATTCATCCAGTCGGAATACATCTACCATTGGTTCCAAATATGGTAAATCTATCAAGAAAGGGATCATATCATTTTTCTCAATTGATGAGAGCCGATTCAGTCAGGTTGAAGAATTTAGTTGTGTACCCTACTTCATCTCCAAGCACTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057795759.1
MQTSDGYSSNSQFSASFAGSRRDVTYSCGSCGYDLNLNSSSRNTSTIGSKYGKSIKKGIISFFSIDESRFSQVEEFSCVPYFISKHSWGIFRRRTKLLCRKCGNLIGIASDLNNASSIHLITDGSDSPSSSEFSSKRKYDIRIRSLQPSSAGFGTPLVS

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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