当前解析结果
SmilChr02G002879| 统一新 Gene ID | SmilChr02G002879 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr02G002879 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr02G002879 |
| 染色体 / SeqID | Chr02 / NC_080388.1 |
| 坐标与链方向 | 49053252 - 49058102 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131011905 |
|---|---|
| GeneID | 131011905 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131011905 |
| 原始查询 | SmilChr02G002879 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | hit=Os11g0202600; species=rice; confidence=medium |
| 产物 | hit=Os11g0202600; species=rice; confidence=medium |
| Arabidopsis | AT5G41980 (AT5G41980)nuclease [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834203] identity=32.8; qcov=0.752; evalue=5.59e-60; confidence=low |
| Rice | Os11g0202600- identity=38; qcov=0.717; evalue=6.7e-74; confidence=medium |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF01609 (DDE_Tnp_1); PF13359 (DDE_Tnp_4); PF26138 (DUF8040) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131011905 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057795787.1 |
| 2 | Telomere | 端粒 | 0.20000 | XP_057795787.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057795787.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057795787.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057795787.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr2:49053513 |
AT |
A |
1bp_deletion | frameshift_variant | 81 | A14,A19,A23,A8,B1,B10,B102,B105,B108,B109,B113,B115,B118,B122,B123,B126,B127,B14,B140,B15,B20,B22,B28,B3,B36,B42,B43,B46,B47,B48,B49,B51,B53,B57,B58,B63,B64,B65,B66,B7,B71,B73,B75,B79,B80,B81,B83,B85,B87,B89,B91,B94,B99,C1,C19,C2,C20,C21,C24,C27,C28,C31,C32,C33,C4,C43,C50,C55,C61,C65,C68,C70,C75,C78,C79,C80,C84,C85,D10,D5,D9 |
Chr2:49053533 |
TTC |
T |
2bp_deletion | frameshift_variant | 9 | A10,A14,A4,B16,B97,C27,C51,C53,C63 |
Chr2:49053548 |
C |
CAT |
2bp_insertion | frameshift_variant | 26 | A1,A21,A8,B103,B104,B109,B121,B124,B135,B19,B20,B25,B50,B60,B66,B67,B7,B76,B82,C11,C29,C50,C56,C58,C69,C71 |
Chr2:49053601 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B38,C13 |
Chr2:49053615 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B108,B140 |
Chr2:49053630 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B16 |
Chr2:49053634 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A23,B15,B31,C7 |
Chr2:49053637 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 2 | A22,B127 |
Chr2:49053637 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A22,B127 |
Chr2:49053746 |
GT |
G |
1bp_deletion | frameshift_variant | 13 | A10,B109,B110,B117,B129,B133,B30,B61,B72,B73,C5,C51,C77 |
Chr2:49053750 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B74 |
Chr2:49056695 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 1 | B58 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057795787.1PF26138
DUF8040 134-229 aa
PF01609
DDE_Tnp_1 261-434 aa
PF13359
DDE_Tnp_4 267-436 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057795787.1 |
Pfam | PF26138 |
DUF8040 | Domain | 134 | 229 | 1.2e-35 | 121.9 | Domain of unknown function (DUF8040) |
XP_057795787.1 |
Pfam | PF01609 |
DDE_Tnp_1 | Domain | 261 | 434 | 8.3e-12 | 46.0 | Transposase DDE domain |
XP_057795787.1 |
Pfam | PF13359 |
DDE_Tnp_4 | Domain | 267 | 436 | 9.3e-22 | 78.1 | DDE superfamily endonuclease |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。