当前解析结果
SmilChr02G002916| 统一新 Gene ID | SmilChr02G002916 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr02G002916 |
| 描述 | cytochrome c-type biogenesis CcmH-like mitochondrial protein |
| 染色体 / SeqID | Chr02 / NC_080388.1 |
| 坐标与链方向 | 49465624 - 49468255 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131011939 |
|---|---|
| GeneID | 131011939 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131011939 |
| 原始查询 | SmilChr02G002916 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | cytochrome c-type biogenesis CcmH-like mitochondrial protein |
| 产物 | cytochrome c-type biogenesis CcmH-like mitochondrial protein |
| Arabidopsis | AT1G15220 (CCMH)cytochrome c biosis protein family [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838089] identity=63.5; qcov=1.05; evalue=1.24e-67; confidence=high |
| Rice | Os02g0275100 (CCMH)- identity=69.6; qcov=0.974; evalue=1.33e-78; confidence=high |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF03918 (CcmH) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131011939 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Mitochondrion membrane | 线粒体膜 | 0.80000 | XP_057795826.1 |
| 2 | Mitochondrion | 线粒体 | 0.60000 | XP_057795826.1 |
| 3 | Mitochondrion inner membrane | 线粒体内膜 | 0.60000 | XP_057795826.1 |
| 4 | Chloroplast membrane | 叶绿体膜 | 0.20000 | XP_057795826.1 |
| 5 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057795826.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr2:49467715 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A21,A25,C18,D10 |
Chr2:49467731 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A1,B2,B38,C14 |
Chr2:49467838 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C29,C56 |
Chr2:49467948 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B68,B99 |
Chr2:49467983 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B131 |
Chr2:49468007 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B104 |
Chr2:49468022 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B101 |
Chr2:49468061 |
TTG |
T |
2bp_deletion | frameshift_variant | 1 | C68 |
Chr2:49468061 |
TTG |
T |
2bp_deletion | CDS_variant | 1 | C68 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057795826.1PF03918
CcmH 3-114 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057795826.1 |
Pfam | PF03918 |
CcmH | Family | 3 | 114 | 1.1e-29 | 103.2 | Cytochrome C biogenesis protein |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。