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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G002918

染色体: Chr02 坐标: 49483859-49484563 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G002918
名称SmilChr02G002918
描述protein SRC2-like
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向49483859 - 49484563 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131009657
GeneID131009657
locus_tag-
NCBI NameLOC131009657
原始查询SmilChr02G002918

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述protein SRC2-like
产物protein SRC2-like
ArabidopsisAT1G09070 (SRC2)
soybean regulated by cold-2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837428]
identity=33.8; qcov=0.772; evalue=6.58e-21; confidence=low
RiceOs01g0934100
-
identity=37.4; qcov=0.772; evalue=4.5e-16; confidence=low
GOGO:0006952 (defense response)
KEGG-
PfamPF00168 (C2)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131009657

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 0.60000 XP_057793052.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.20000 XP_057793052.1
3 Endoplasmic reticulum 内质网 0.20000 XP_057793052.1
4 Vacuole 液泡 0.20000 XP_057793052.1
5 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057793052.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:49483876 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B127
Chr2:49483941 A ACG 2bp_insertion frameshift_variant 1 B131
Chr2:49483941 A ACG 2bp_insertion CDS_variant 1 B131
Chr2:49484086 GC G 1bp_deletion frameshift_variant 1 C3
Chr2:49484086 GC G 1bp_deletion CDS_variant 1 C3
Chr2:49484286 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 1 C78
Chr2:49484286 TC T 1bp_deletion CDS_variant 1 C78
Chr2:49484354 A ACC 2bp_insertion frameshift_variant 102 A10,A11,A13,A19,A20,A3,A4,A7,A9,B100,B103,B104,B105,B108,B113,B121,B125,B128,B129,B13,B131,B135,B136,B137,B140,B18,B2,B21,B22,B30,B32,B34,B37,B38,B39,B40,B41,B42,B43,B45,B47,B48,B5,B50,B54,B59,B6,B60,B63,B64,B66,B69,B70,B71,B72,B83,B86,B87,B91,B98,B99,C1,C14,C16,C19,C23,C24,C25,C26,C29,C37,C4,C41,C43,C46,C50,C52,C56,C57,C58,C6,C62,C64,C65,C66,C67,C7,C70,C74,C76,C79,C8,C80,C81,C85,C86,D10,D11,D2,D3,D7,D9
Chr2:49484380 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B22
Chr2:49484388 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B77
Chr2:49484395 G GCA 2bp_insertion frameshift_variant 105 A10,A11,A13,A19,A20,A3,A4,A7,A9,B100,B103,B104,B105,B108,B113,B121,B125,B128,B129,B13,B131,B137,B140,B18,B2,B21,B22,B30,B32,B34,B37,B38,B39,B40,B42,B43,B45,B47,B48,B5,B50,B54,B59,B6,B60,B63,B64,B66,B69,B70,B71,B72,B8,B81,B83,B86,B87,B91,B93,B98,B99,C1,C14,C16,C19,C2,C23,C24,C25,C26,C29,C32,C36,C37,C4,C41,C43,C46,C50,C52,C56,C57,C58,C62,C64,C65,C66,C67,C68,C7,C70,C74,C76,C79,C8,C80,C81,C85,C86,D10,D11,D2,D3,D7,D9

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057793052.1
180 aa
N
1
90
180
C2
C
PF00168 C2 5-102 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057793052.1 Pfam PF00168 C2 Domain 5 102 5.9e-12 46.4 C2 domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057937069.1
ATGGAGTGCAGAAAACTGGAAATAACACTTGTGTCAGCCCAAAACCTCCCCAACCTCCGAAATCTAGGGTTGATGAAAGTCTACGCCAAGGTTTCACTCGAAGGCGAAGCGAATACCAGCCTTGTTGACAATGAGGGCGGGACGAACCCGAGGTGGAACTTCGTGGTGAATTACATGGTCAGCGAGTCAACTGTCCGGCGGCATGGAGTCAACGTGGTGGTGAAGCTGCTGTGCAAGAGGAGTCTGGGAGATAGGCTGAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131009657
ATGGAGTGCAGAAAACTGGAAATAACACTTGTGTCAGCCCAAAACCTCCCCAACCTCCGAAATCTAGGGTTGATGAAAGTCTACGCCAAGGTTTCACTCGAAGGCGAAGCGAATACCAGCCTTGTTGACAATGAGGGCGGGACGAACCCGAGGTGGAACTTCGTGGTGAATTACATGGTCAGCGAGTCAACTGTCCGGCGGCATGGAGTCAACGTGGTGGTGAAGCTGCTGTGCAAGAGGAGTCTGGGAGATAGGCTGAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057793052.1
MECRKLEITLVSAQNLPNLRNLGLMKVYAKVSLEGEANTSLVDNEGGTNPRWNFVVNYMVSESTVRRHGVNVVVKLLCKRSLGDRLIGEVRIPVKELFDKGLRSESVVSYDVAGTPEGTLDLMYSFSERMVVRKPPSWWTTALGCLMLVGGVMLLLGTQSNHHYVNVHDQHDEPQPADQD

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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