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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G002920

染色体: Chr02 坐标: 49508532-49509035 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G002920
名称SmilChr02G002920
描述protein SRC2 homolog
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向49508532 - 49509035 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131009659
GeneID131009659
locus_tag-
NCBI NameLOC131009659
原始查询SmilChr02G002920

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述protein SRC2 homolog
产物protein SRC2 homolog
ArabidopsisAT1G09070 (SRC2)
soybean regulated by cold-2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837428]
identity=37; qcov=0.826; evalue=1.83e-22; confidence=medium
RiceOs01g0934100
-
identity=40.6; qcov=0.635; evalue=1.25e-16; confidence=low
GOGO:0006952 (defense response)
KEGG-
PfamPF00168 (C2)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131009659

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 0.60000 XP_057793054.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.20000 XP_057793054.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.20000 XP_057793054.1
4 Endoplasmic reticulum 内质网 0.20000 XP_057793054.1
5 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057793054.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:49508651 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B20,C6
Chr2:49508695 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B53,B71,C53,C74
Chr2:49508824 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C4
Chr2:49508893 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A2,B80,C1,C72

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057793054.1
167 aa
N
1
84
167
C2
C
PF00168 C2 5-104 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057793054.1 Pfam PF00168 C2 Domain 5 104 1e-13 52.1 C2 domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057937071.1
ATGGAGTGCAGAAAATTAGAAATAATCCTTGTTTCAGCCGACGATCTTCCAAACATCCGGAGCTTTGGGAAGATGAAAGTGTATGCGGAGATTTCCCTCAACGGGAAATCCGAAACCAGCAAGAGAACCACCGTGGACCTGGCCGGAGAGACAAACCCTAAATGGAACTTCCCCCTGGATTACACGGTGAATGAGGCGTCGCTGCGGACACCGGGGCTGGAGCTGGTGGTGAAGCTCTTCTGTCAGAGGACTCTGGGAGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131009659
ATGGAGTGCAGAAAATTAGAAATAATCCTTGTTTCAGCCGACGATCTTCCAAACATCCGGAGCTTTGGGAAGATGAAAGTGTATGCGGAGATTTCCCTCAACGGGAAATCCGAAACCAGCAAGAGAACCACCGTGGACCTGGCCGGAGAGACAAACCCTAAATGGAACTTCCCCCTGGATTACACGGTGAATGAGGCGTCGCTGCGGACACCGGGGCTGGAGCTGGTGGTGAAGCTCTTCTGTCAGAGGACTCTGGGAGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057793054.1
MECRKLEIILVSADDLPNIRSFGKMKVYAEISLNGKSETSKRTTVDLAGETNPKWNFPLDYTVNEASLRTPGLELVVKLFCQRTLGDRYIGEVKISVKSLFDSGPRVENALTYAVGTGDGKLNILYSFGNTFMVPEPSFWKKALEVGLVVMVRGTWFLLTGDIGDFS

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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