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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G002945

染色体: Chr02 坐标: 49966577-49967050 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G002945
名称SmilChr02G002945
描述protein SRC2 homolog
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向49966577 - 49967050 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131009668
GeneID131009668
locus_tag-
NCBI NameLOC131009668
原始查询SmilChr02G002945

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述protein SRC2 homolog
产物protein SRC2 homolog
ArabidopsisAT1G09070 (SRC2)
soybean regulated by cold-2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837428]
identity=37.5; qcov=0.662; evalue=1.21e-15; confidence=low
RiceOs05g0149100
-
identity=33.3; qcov=0.898; evalue=1.53e-13; confidence=low
GOGO:0006952 (defense response)
KEGG-
PfamPF00168 (C2)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131009668

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057793063.1
2 Cell membrane 细胞膜 0.40000 XP_057793063.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057793063.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057793063.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057793063.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:49966638 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B107
Chr2:49966653 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A4,B99
Chr2:49966654 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B107
Chr2:49966707 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C87
Chr2:49966712 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B94
Chr2:49966735 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 1 C69
Chr2:49966735 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C69
Chr2:49966901 C CG 1bp_insertion frameshift_variant 3 B53,B71,C53
Chr2:49966901 C CG 1bp_insertion CDS_variant 3 B53,B71,C53
Chr2:49966931 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B100,B41,C4,C70
Chr2:49967003 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B124,C48,C87

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057793063.1
157 aa
N
1
78
157
C2
C
PF00168 C2 5-104 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057793063.1 Pfam PF00168 C2 Domain 5 104 1.2e-11 45.4 C2 domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057937080.1
ATGGGGAGCCGGAGATTGGAGCTAACGATCGTGGGGGCGGAGAATCTGCCCGACATCCGGCGGTTGGGGCGGATGAAAGTGTACGCGGTGGTCTCCGTGGACGGATGCACAGGCGCGACCAACACAGACAGAGACGGGGAGACGAACCCGACGTGGGACTTCCCGTTCGTGTACAACATAAGTGAGGCGCATCTGCGGCGGGCGGGGCTGGATGCGGTGGTGGATCTCTACTGCGAGACAACGCTGGCCGGAGACAAGCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131009668
ATGGGGAGCCGGAGATTGGAGCTAACGATCGTGGGGGCGGAGAATCTGCCCGACATCCGGCGGTTGGGGCGGATGAAAGTGTACGCGGTGGTCTCCGTGGACGGATGCACAGGCGCGACCAACACAGACAGAGACGGGGAGACGAACCCGACGTGGGACTTCCCGTTCGTGTACAACATAAGTGAGGCGCATCTGCGGCGGGCGGGGCTGGATGCGGTGGTGGATCTCTACTGCGAGACAACGCTGGCCGGAGACAAGCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057793063.1
MGSRRLELTIVGAENLPDIRRLGRMKVYAVVSVDGCTGATNTDRDGETNPTWDFPFVYNISEAHLRRAGLDAVVDLYCETTLAGDKLVGRVVIPVKTLFDKGITSQSCLGFPVAGTVCGRLYIRYCFEEKDLPRRNQAWERLTTQQSYYFSQDYYNY

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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