Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G002947

染色体: Chr02 坐标: 49991004-49993159 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G002947
名称SmilChr02G002947
描述epimerase family protein SDR39U1 homolog, chloroplastic-like
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向49991004 - 49993159 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131011964
GeneID131011964
locus_tag-
NCBI NameLOC131011964
原始查询SmilChr02G002947

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述epimerase family protein SDR39U1 homolog, chloroplastic-like
产物epimerase family protein SDR39U1 homolog%2C chloroplastic-like
ArabidopsisAT2G21280 (SULA)
NAD(P)-binding Rossmann-fold superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816667]
identity=67; qcov=1.15; evalue=2.3e-45; confidence=medium
RiceOs02g0834700 (P0264G11.15-1)
-
identity=61; qcov=1.15; evalue=4.92e-42; confidence=medium
GO-
KEGG-
PfamPF01370 (Epimerase)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131011964

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057795850.1
2 Nucleus 细胞核 0.20000 XP_057795850.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057795850.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057795850.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057795850.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

该基因暂未检索到已上线的精选 EMS CDS / LoF 突变,或 EMS 突变库仍在构建。

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057795850.1
103 aa
N
1
52
103
Epimerase
C
PF01370 Epimerase 4-95 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057795850.1 Pfam PF01370 Epimerase Family 4 95 3.4e-07 30.6 NAD dependent epimerase/dehydratase family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057939867.1
TTTTTTAATCAAGTTTTTCAAGCTTCTGCACCACACTCTTAACACTCTTAACACACCCGCCGCCTCCCCCCAAGCTCCCCCCGGTGACGCCGCCCGGACGACGCTGCACGAGCAACCGGACGCCGATGCCAGTGAGTCAGTGACCGCCCCCCACCCACCCTGCGTCGCGTCGCCTCTGACGCCGCTCTTCTCGCAGCAGCAGATCGGGCGGCGGAGCACCCCTCTCCTCCGCTGACGCCGTTCTTCTCGCAGCAGCAGAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131011964
ATGATCGTTTCAGTAACTGGAGCCACTGGGTTCATAGGTAAAAGATTGGTGCAGAGATTGCTTGCAGCCAGGGACTATCCAGGAATTAAAATAGCAGAGGAACCAGAATGGAGAAACTGCATTCAAGGTTCTACGGCTGTTGTAAATCTGGCCGGATTGCCTATAAGCACAAGATGGTCACCCGAGATCAAGAAAGAGATCAAGGAAAGCAGGATTAAAGTAACTTCTAAGGTTGTAGATTTTATTAATAGCACACAGGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057795850.1
MIVSVTGATGFIGKRLVQRLLAARDYPGIKIAEEPEWRNCIQGSTAVVNLAGLPISTRWSPEIKKEIKESRIKVTSKVVDFINSTQDDLRPKVLVSATVSLLL

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器