Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G002950`

染色体: Chr02 坐标: 50038232-50038938 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G002950`
名称	SmilChr02G002950
描述	protein SRC2-like
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	50038232 - 50038938 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131009671`
GeneID	`131009671`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131009671`
原始查询	`SmilChr02G002950`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	protein SRC2-like
产物	protein SRC2-like
Arabidopsis	`AT1G09070` (SRC2) soybean regulated by cold-2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837428] identity=33.1; qcov=0.772; evalue=1.22e-19; confidence=low
Rice	`Os01g0934100` - identity=36.7; qcov=0.772; evalue=2.29e-15; confidence=low
GO	GO:0006952 (defense response)
KEGG	-
Pfam	PF00168 (C2)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131009671

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cell membrane	细胞膜	0.60000	`XP_057793066.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.20000	`XP_057793066.1`
3	Endoplasmic reticulum	内质网	0.20000	`XP_057793066.1`
4	Vacuole	液泡	0.20000	`XP_057793066.1`
5	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057793066.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:50038409`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B77
`Chr2:50038414`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A25,B138,C21,C30
`Chr2:50038422`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B21,B52,C72
`Chr2:50038506`	`A`	`AC`	1bp_insertion	frameshift_variant	1	B95
`Chr2:50038506`	`A`	`AC`	1bp_insertion	CDS_variant	1	B95
`Chr2:50038789`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C53
`Chr2:50038849`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B74,C74
`Chr2:50038852`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B109,B123,B130,B136,B139
`Chr2:50038921`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B77,C47

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057793066.1

180 aa

180

PF00168 C2 5-99 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057793066.1`	Pfam	`PF00168`	C2	Domain	5	99	2.6e-12	47.6	C2 domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057937083.1
ATGGAGTGCAGAAAACTGGAAATAACACTTGTGTCAGCCCAAAACCTCCCCAACCTCCGAAATCTAGGGTTGATGAAAGTCTACGCCAAGGTTTCACTCGAAGGCGAAGCGAATACCAGCCTTGTTGACAACGAGGGCGGGACGAACCCGAGGTGGAACTTCGTGGTGAATTACATGGTCAGCGAGTCAACTGTCCGGCGGCATGGAGTCAACGTGGTGGTGCAGCTGTGGTGCAAGAGAACTCTGGGAGACAGATTCAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131009671
ATGGAGTGCAGAAAACTGGAAATAACACTTGTGTCAGCCCAAAACCTCCCCAACCTCCGAAATCTAGGGTTGATGAAAGTCTACGCCAAGGTTTCACTCGAAGGCGAAGCGAATACCAGCCTTGTTGACAACGAGGGCGGGACGAACCCGAGGTGGAACTTCGTGGTGAATTACATGGTCAGCGAGTCAACTGTCCGGCGGCATGGAGTCAACGTGGTGGTGCAGCTGTGGTGCAAGAGAACTCTGGGAGACAGATTCAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057793066.1
MECRKLEITLVSAQNLPNLRNLGLMKVYAKVSLEGEANTSLVDNEGGTNPRWNFVVNYMVSESTVRRHGVNVVVQLWCKRTLGDRFIGDVMIPVKELFDMGLRSESVVSYDVAGTPEGTLDLMYSFSERMVVRKPPSWWTTALGCLVLVGGVMLLLGTQSDHHYVNVHDQHDEPQPADQD

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器