当前解析结果
SmilChr02G002951| 统一新 Gene ID | SmilChr02G002951 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr02G002951 |
| 描述 | O-fucosyltransferase 10-like |
| 染色体 / SeqID | Chr02 / NC_080388.1 |
| 坐标与链方向 | 50052333 - 50056828 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131011965 |
|---|---|
| GeneID | 131011965 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131011965 |
| 原始查询 | SmilChr02G002951 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | O-fucosyltransferase 10-like |
| 产物 | O-fucosyltransferase 10-like |
| Arabidopsis | AT1G38131 (AT1G38131)O-fucosyltransferase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:840652] identity=58.3; qcov=0.92; evalue=0; confidence=high |
| Rice | Os12g0174100- identity=53; qcov=0.859; evalue=2.1e-170; confidence=high |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF10250 (O-FucT) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131011965 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Golgi apparatus | 高尔基体 | 1.00000 | XP_057795851.1 |
| 2 | Golgi stack | 高尔基堆 | 0.20000 | XP_057795851.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057795851.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057795851.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057795851.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr2:50052827 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | C68,C85,D7 |
Chr2:50053158 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B77 |
Chr2:50053436 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B109,B123,B130,B136,B139 |
Chr2:50053789 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C31 |
Chr2:50054800 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C64 |
Chr2:50054818 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C6 |
Chr2:50056463 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A1,B83 |
Chr2:50056646 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B46,C3,C71,C78 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057795851.1PF10250
O-FucT 138-467 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057795851.1 |
Pfam | PF10250 |
O-FucT | Family | 138 | 467 | 4.8e-98 | 329.7 | GDP-fucose protein O-fucosyltransferase |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。