Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G002953`

染色体: Chr02 坐标: 50065498-50080887 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G002953`
名称	SmilChr02G002953
描述	protein PIR-like
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	50065498 - 50080887 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131011967`
GeneID	`131011967`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131011967`
原始查询	`SmilChr02G002953`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	protein PIR-like
产物	protein PIR-like
Arabidopsis	`AT5G18410` (PIR121) transcription activator [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831959] identity=80.2; qcov=0.999; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os03g0143800` (LPL2) - identity=73.3; qcov=1; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0000340 (RNA 7-methylguanosine cap binding); GO:0000902 (cell morphogenesis); GO:0006417 (regulation of translation); GO:0030833 (regulation of actin filament polymerization); GO:0031209 (SCAR complex); GO:0031267 (small GTPase binding)
KEGG	smil04519 (Cadherin signaling - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF05994 (FragX_IP); PF07159 (CYRIA-B_Rac1-bd)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131011967

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057795854.1`
2	Cytosol	细胞质基质	0.60000	`XP_057795854.1`
3	Cytoplasmic vesicle	细胞质囊泡	0.20000	`XP_057795854.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057795854.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057795854.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:50065779`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B93
`Chr2:50066063`	`GCA`	`G`	2bp_deletion	frameshift_variant	1	C83
`Chr2:50066063`	`GCA`	`G`	2bp_deletion	CDS_variant	1	C83
`Chr2:50066113`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A25,B10,C13,C22
`Chr2:50066888`	`C`	`CTA`	2bp_insertion	frameshift_variant	3	A8,C44,C52
`Chr2:50066888`	`C`	`CTA`	2bp_insertion	CDS_variant	3	A8,C44,C52
`Chr2:50068283`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C74
`Chr2:50068334`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B103
`Chr2:50074521`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B20,C53,C71,C73
`Chr2:50074555`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B20,C53,C71,C73,C78
`Chr2:50075139`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B52,C85
`Chr2:50075962`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B48,C19

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057795854.1

1286 aa

643

1286

CYRIA-B_Rac1-bd

FragX_IP

PF07159 CYRIA-B_Rac1-bd 156-218 aa PF05994 FragX_IP 352-1247 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057795854.1`	Pfam	`PF07159`	CYRIA-B_Rac1-bd	Domain	156	218	1.4e-05	25.1	CYRIA/CYRIB Rac1 binding domain
`XP_057795854.1`	Pfam	`PF05994`	FragX_IP	Family	352	1247	0	1023.5	Cytoplasmic Fragile-X interacting family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057939871.1
AGTCCAAACGCGACTCTACTGAAGTGAACTGCTCGTTTGACTGATTTGTACTCGGTGCTTTAACAGCAGTACACTCACCAAATTCCTGCAAATTAATGGCACCCCACTACAGGTAGAATTGGTAATTGAAGCTGCATTTCTTTTGCTCTGATTCTCAACATTTCGGTTAGCTCGGAAAGTTTCGAACTTTCCTCTGCCGGATCTCTCATGGCAGTCCCAGTAGAGGAAGCCATTGCTGCACTGTCCACATTTTCATTGGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131011967
ATGGCAGTCCCAGTAGAGGAAGCCATTGCTGCACTGTCCACATTTTCATTGGAGGACGATCAACCAGAAATTCAAGGGCCTGGATTTTGGGTGTCAACTGAGAGAGGTGCAACTATTAGTCCAATTGAATATAGTGATGTTTCCGCCTATCGCTTATCTTTATCTGAGGACACTAAAGCCATTAATCAGCTGAATTTGCTTGTTCGAGAAGGCAAGGAAATGGGTTCAGTGCTTTATACATACCGGAGTTGTGTTAAAGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057795854.1
MAVPVEEAIAALSTFSLEDDQPEIQGPGFWVSTERGATISPIEYSDVSAYRLSLSEDTKAINQLNLLVREGKEMGSVLYTYRSCVKALPQLPDSMKQSQADLYLETYQVLDLEMSRLREIQRWQASASSKLAADMQRFSRPERRINGPTITHLWSMLKLLDVLVQLDHLKNAKASIPNDFSWYKRTFTQVSVQWQDTDSMREELDDLQIFLSTRWAILLNLHVEMFRVNNVEDILQVLIVFAVESLELNFALLFPERHIL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器