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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G002972

染色体: Chr02 坐标: 50265306-50267624 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G002972
名称SmilChr02G002972
描述uncharacterized SmilChr02G002972
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向50265306 - 50267624 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131011983
GeneID131011983
locus_tag-
NCBI NameLOC131011983
原始查询SmilChr02G002972

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os04g0450500; species=rice; confidence=low
产物hit=Os04g0450500; species=rice; confidence=low
Arabidopsis-
-
RiceOs04g0450500
-
identity=39.2; qcov=0.38; evalue=2.2e-30; confidence=low
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131011983

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057795873.1
2 Chromosome 染色体 1.00000 XP_057795873.1
3 Nucleoplasm 核质 1.00000 XP_057795873.1
4 Telomere 端粒 0.80000 XP_057795874.1
5 Nuclear body 核内小体 0.80000 XP_057795874.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:50265657 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A14,B47,C76
Chr2:50266399 G GT 1bp_insertion frameshift_variant 3 B124,C48,C87
Chr2:50266399 G GT 1bp_insertion CDS_variant 3 B124,C48,C87
Chr2:50266492 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C83
Chr2:50266511 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B28,B55,C72
Chr2:50266756 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B41,C18,C61
Chr2:50266771 A ATT 2bp_insertion frameshift_variant 6 B109,B115,B124,C40,C87,D3
Chr2:50267304 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C53
Chr2:50267348 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C32
Chr2:50267439 GA G 1bp_deletion frameshift_variant 5 B103,B129,B21,B37,B98
Chr2:50267439 GA G 1bp_deletion CDS_variant 5 B103,B129,B21,B37,B98
Chr2:50267515 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B109,B88,C36,C47,C51

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057939890.1
AGACGCGGCAAAACCCTTAGGGATTAACTTACTATTTTTGTCAATCAAACCTTATTTACCAAAGTAAACGTCCCCTAAACTGGAAAATGGCGGCGGCGATCGGATGGTACGGACCGCTGATTGATATCTGCAAAGCATCTTCTTATATTGGGGATTTTGTACAGCTCGTAGCCTTGGTTCACAAATTCACCCCTATACAGTATAAAATTTCTGGCAGTAGAGGAGAGGTGGTCAGGGTGGATGTTCTGGTGGGGGATGAA...
XM_057939891.1
AGACGCGGCAAAACCCTTAGGGATTAACTTACTATTTTTGTCAATCAAACCTTATTTACCAAAGTAAACGTCCCCTAAACTGGAAAATGGCGGCGGCGATCGGATGGTACGGACCGCTGATTGATATCTGCAAAGCATCTTCTTATATTGGGGATTTTGTACAGCTCGTAGCCTTGGTTCACAAATTCACCCCTATACAGTATAAAATTTCTGGCAGTAGAGGAGAGGTGGTCAGGGTGGATGTTCTGGTGGGGGATGAA...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC131011983
ATGGCGGCGGCGATCGGATGGTACGGACCGCTGATTGATATCTGCAAAGCATCTTCTTATATTGGGGATTTTGTACAGCTCGTAGCCTTGGTTCACAAATTCACCCCTATACAGTATAAAATTTCTGGCAGTAGAGGAGAGGTGGTCAGGGTGGATGTTCTGGTGGGGGATGAAACGAGGTCGTATTTTCCGGTGACCGTTTGGCAGAAGCAGATGAGGTCCCAAATTGCAGTTGGGCATGTTTTTCTGCTGCAAAATCT...
LOC131011983
ATGGCGGCGGCGATCGGATGGTACGGACCGCTGATTGATATCTGCAAAGCATCTTCTTATATTGGGGATTTTGTACAGCTCGTAGCCTTGGTTCACAAATTCACCCCTATACAGTATAAAATTTCTGGCAGTAGAGGAGAGGTGGTCAGGGTGGATGTTCTGGTGGGGGATGAAACGAGGTCGTATTTTCCGGTGACCGTTTGGCAGAAGCAGATGAGGTCCCAAATTGCAGTTGGGCATGTTTTTCTGCTGCAAAATCT...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057795873.1
MAAAIGWYGPLIDICKASSYIGDFVQLVALVHKFTPIQYKISGSRGEVVRVDVLVGDETRSYFPVTVWQKQMRSQIAVGHVFLLQNLKITRYGDTVEAMAVHCSSLKCLLEPDDFVAPKGLDKLIGESRLGITVKDKLQKVGGWLQRANLAHCGSILNYNECRMQVKVNWKLHQEICTQDCSSLSDLCQCEDSCKASFHASVGEIFLPNLREPEAERMFISRRLHSLGENSLVDDLITTGCQLCGTPVNGRLGPDVGQNT...
XP_057795874.1
MAAAIGWYGPLIDICKASSYIGDFVQLVALVHKFTPIQYKISGSRGEVVRVDVLVGDETRSYFPVTVWQKQMRSQIAVGHVFLLQNLKITRYGDTVEAMAVHCSSLKCLLEPDDFVAPKGLDKLIGESRLGITVKDKLQKVGGWLQRANLAHCGSILNYNECRMQVKVNWKLHQEICTQDCSSLSDLCQCEDSCKASFHASVGEIFLPNLREPEAERMFISRRLHSLDVGQNTIPLYCQRSSDRLHIIGTIYRPFLLYVW...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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