Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G002974`

染色体: Chr02 坐标: 50272572-50274288 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G002974`
名称	SmilChr02G002974
描述	uncharacterized SmilChr02G002974
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	50272572 - 50274288 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131011987`
GeneID	`131011987`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131011987`
原始查询	`SmilChr02G002974`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os12g0481200; species=rice; confidence=medium
产物	hit=Os12g0481200; species=rice; confidence=medium
Arabidopsis	`AT1G21930` (AT1G21930) uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838795] identity=77.8; qcov=0.88; evalue=1.28e-42; confidence=medium
Rice	`Os12g0481200` - identity=87; qcov=0.837; evalue=2.91e-47; confidence=medium
GO	-
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131011987

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Mitochondrion	线粒体	1.00000	`XP_057795878.1`
2	Mitochondrion membrane	线粒体膜	1.00000	`XP_057795878.1`
3	Mitochondrion inner membrane	线粒体内膜	1.00000	`XP_057795878.1`
4	Mitochondrion outer membrane	线粒体外膜	0.20000	`XP_057795878.1`
5	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057795878.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:50272884`	`C`	`CG`	1bp_insertion	frameshift_variant	1	C37
`Chr2:50272884`	`C`	`CG`	1bp_insertion	CDS_variant	1	C37
`Chr2:50272933`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C83
`Chr2:50272999`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B76,C49

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057939895.1
TGAGAATCCCCCTCCATTGACCATTCATACAGCGCAATCTTCTTTGAATTACCTAGAAATATTGATTTAAAAAAATAATTAAAAGAAGAAGAAGAAGCAGCTGTGACTTCAACATTTTGATTGAAGTTTTGGTGGGAGGCGTGAAGAACTGAGTGATTTATCATTGTATATGGCCGGAAAAGAGGAAGAGAAGAAATTAGAGGAATGCTCTGTTTCAAATGCTTTGGGGACATGGGTTTTCTCAGTGGCGGGTGCTCTGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131011987
ATGGCCGGAAAAGAGGAAGAGAAGAAATTAGAGGAATGCTCTGTTTCAAATGCTTTGGGGACATGGGTTTTCTCAGTGGCGGGTGCTCTGATAGCGATCCCTGTTGGGATTAAAAGGAAGTCTCTGGCGCCCCTTGTGTTCTTTGGCACGACAGGCACAATGCTCGACATAATCATGGGGATCAATGCTTGTGAGAGGGAGCACGCAGAGCGCCAGATGAAGCTCTTGGAAGCGCAGAATGTTGCAGCAGTTGATGATGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057795878.1
MAGKEEEKKLEECSVSNALGTWVFSVAGALIAIPVGIKRKSLAPLVFFGTTGTMLDIIMGINACEREHAERQMKLLEAQNVAAVDDATAAES

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器