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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G002975

染色体: Chr02 坐标: 50274316-50276218 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G002975
名称SmilChr02G002975
描述uncharacterized SmilChr02G002975
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向50274316 - 50276218 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131011985
GeneID131011985
locus_tag-
NCBI NameLOC131011985
原始查询SmilChr02G002975

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述histone-lysine N-methyltransferase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:826374]; symbol=AT4G08240; hit=AT4G08240; species=arabidopsis; confidence=medium
产物histone-lysine N-methyltransferase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:826374]; symbol=AT4G08240; hit=AT4G08240; species=arabidopsis; confidence=medium
ArabidopsisAT4G08240 (AT4G08240)
histone-lysine N-methyltransferase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:826374]
identity=38; qcov=1.3; evalue=6.02e-21; confidence=medium
RiceOs02g0567000
-
identity=35.5; qcov=1.22; evalue=3.49e-10; confidence=low
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131011985

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057795876.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057795876.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.40000 XP_057795877.1
4 Nucleoplasm 核质 0.20000 XP_057795877.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057795876.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:50275901 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C68,C72

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA
XR_009097158.1
TCAAATCTGGGCTTGAATTCAGCCCAATAATCGAACTTGGGCCCAATATAAAAGCGTTACTCAACAGTTGAGAGAGAGAGAGAGAGAGATGAGGGGAGTTGGGGGTCCGTTATTGTGCATCAGCGATCTGCTAAGCGACGTCGGCGAAGACAACTCCGGCGGCATCCACGATCACGCCGCGCCGCCCGAGGCGGCCGACGTTTCTAAACTCTCGGCGTCTGAAATTCCCAAGCTATTCCAGGAAAACTTCAATGAACTGA...
XR_009097157.1
ACTCAACAGTTGAGAGAGAGAGAGAGAGAGATGAGGGGAGTTGGGGGTCCGTTATTGTGCATCAGCGATCTGCTAAGCGACGTCGGCGAAGACAACTCCGGCGGCATCCACGATCACGCCGCGCCGCCCGAGGCGGCCGACGTTTCTAAACTCTCGGCGTCTGAAATTCCCAAGCTATTCCAGGAAAACTTCAATGAACTGAAAGGGGCACTCGAGGGTGCTGATCACTCTTGGACTGCTCTAACACTCAAGTTGTGTTC...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC131011985
ATGAGGGGAGTTGGGGGTCCGTTATTGTGCATCAGCGATCTGCTAAGCGACGTCGGCGAAGACAACTCCGGCGGCATCCACGATCACGCCGCGCCGCCCGAGGCGGCCGACGTTTCTAAACTCTCGGCGTCTGAAATTCCCAAGCTATTCCAGGAAAACTTCAATGAACTGAAAGGGGCACTCGAGGGTGCTGATCACTCTTGGACTGCTCTAACACTCAAGTTGTGTTCTGCGCTGGAAACTGCAAACAAGTTGGTTGA...
LOC131011985
ATGAGGGGAGTTGGGGGTCCGTTATTGTGCATCAGCGATCTGCTAAGCGACGTCGGCGAAGACAACTCCGGCGGCATCCACGATCACGCCGCGCCGCCCGAGGCGGCCGACGTTTCTAAACTCTCGGCGTCTGAAATTCCCAAGCTATTCCAGGAAAACTTCAATGAACTGAAAGGGGCACTCGAGGGTGCTGATCACTCTTGGACTGCTCTAACACTCAAGGTTGAGGAACTGGAACGAATTGTCAGTCGAAGAGATTC...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057795876.1
MRGVGGPLLCISDLLSDVGEDNSGGIHDHAAPPEAADVSKLSASEIPKLFQENFNELKGALEGADHSWTALTLKLCSALETANKLVDSTDSHVASLSDKVEELERIVSRRDSSITEAKAIQDLY
XP_057795877.1
MRGVGGPLLCISDLLSDVGEDNSGGIHDHAAPPEAADVSKLSASEIPKLFQENFNELKGALEGADHSWTALTLKVEELERIVSRRDSSITEAKAIQDLY

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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