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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G002987

染色体: Chr02 坐标: 50503328-50506990 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G002987
名称SmilChr02G002987
描述WAT1-related protein At1g21890-like
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向50503328 - 50506990 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131011999
GeneID131011999
locus_tag-
NCBI NameLOC131011999
原始查询SmilChr02G002987

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述WAT1-related protein At1g21890-like
产物WAT1-related protein At1g21890-like
ArabidopsisAT1G21890 (UMAMIT19)
nodulin MtN21 /EamA-like transporter family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838791]
identity=60; qcov=0.916; evalue=3.21e-147; confidence=high
RiceOs10g0210500 (OsUMAMIT15)
-
identity=50.7; qcov=0.978; evalue=1.29e-132; confidence=high
GOGO:0005886 (plasma membrane); GO:0022857 (transmembrane transporter activity)
KEGG-
PfamPF00892 (EamA)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131011999

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057795888.1
2 Vacuole 液泡 0.20000 XP_057795888.1
3 Vacuole membrane 液泡膜 0.20000 XP_057795888.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057795888.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057795888.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:50504718 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A24,B108,B5,D8
Chr2:50506099 GGA G 2bp_deletion frameshift_variant 1 B28
Chr2:50506099 GGA G 2bp_deletion CDS_variant 1 B28
Chr2:50506210 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B127,B23
Chr2:50506249 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B41,C3
Chr2:50506471 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C20
Chr2:50506548 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B93,C2
Chr2:50506728 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B48,B95,C5
Chr2:50506824 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C51

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057795888.1
371 aa
N
1
186
371
EamA
EamA
C
PF00892 EamA 13-152 aa PF00892 EamA 185-323 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057795888.1 Pfam PF00892 EamA Domain 13 152 9.8e-26 91.4 EamA-like transporter family
XP_057795888.1 Pfam PF00892 EamA Domain 185 323 9.8e-26 91.4 EamA-like transporter family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057939905.1
TGATTTTGTTATTCCATACTAGAAAGAAAAAGAAAATAAACAAGGACAAAAATGGTGAATATGAGTGAATCTTTTAACAAAATGAAGCCATATTTGGCTATGATAGGTCTTCAATTTGGGTATGCAGGAATGTACATAATTAGCCTTGTTTCGTTGAAGCGAGGATTTAGTCATTGGATTTTGGTGGTTTATCGGCATGTTGTTGCTTCTCTCGTTTTCTGCCCCTTCGCATATTTTCTTGAAAAGAAAATAAGGCCTAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131011999
ATGGTGAATATGAGTGAATCTTTTAACAAAATGAAGCCATATTTGGCTATGATAGGTCTTCAATTTGGGTATGCAGGAATGTACATAATTAGCCTTGTTTCGTTGAAGCGAGGATTTAGTCATTGGATTTTGGTGGTTTATCGGCATGTTGTTGCTTCTCTCGTTTTCTGCCCCTTCGCATATTTTCTTGAAAAGAAAATAAGGCCTAGGATGACAAAATCCATATTTCTCAAGATAATGTTGCTTGCTTTCCTAGAGCC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057795888.1
MVNMSESFNKMKPYLAMIGLQFGYAGMYIISLVSLKRGFSHWILVVYRHVVASLVFCPFAYFLEKKIRPRMTKSIFLKIMLLAFLEPVLDQNLYYLGMQYTSATFASATVNVLPAITFIMAVAFRLERVNLKKVQSLAKVIGTLITVMGAMVMTLYKGPIVDILWYSHGGGQQKAAAGSEQHWVSGTIMLLSCIVGWSAFFIVQKKTLEEYPAELSLASLVCVMGVVEGGIAAVIMERRKSAWAIGFDSRLLAAAYSGIV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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