Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G002990`

染色体: Chr02 坐标: 50568672-50577417 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G002990`
名称	SmilChr02G002990
描述	somatic embryogenesis receptor kinase 2-like
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	50568672 - 50577417 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131012003`
GeneID	`131012003`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131012003`
原始查询	`SmilChr02G002990`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	somatic embryogenesis receptor kinase 2-like
产物	somatic embryogenesis receptor kinase 2-like
Arabidopsis	`AT1G34210` (SERK2) somatic embryosis receptor-like kinase 2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:840320] identity=92.2; qcov=0.954; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os08g0174700` (BAK1) - identity=85.6; qcov=0.973; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005515 (protein binding); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006468 (protein phosphorylation)
KEGG	-
Pfam	PF00069 (Pkinase); PF00560 (LRR_1); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr); PF08263 (LRRNT_2)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131012003

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cell membrane	细胞膜	1.00000	`XP_057795896.1`
2	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057795896.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057795896.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057795896.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057795896.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:50569181`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B117
`Chr2:50570033`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B65
`Chr2:50572556`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B127
`Chr2:50572646`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C13
`Chr2:50573088`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B113,C30,C56
`Chr2:50573089`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B113,C30,C56
`Chr2:50573174`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B56
`Chr2:50573176`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A3
`Chr2:50573195`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A4
`Chr2:50573256`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B110,B56,B96
`Chr2:50573378`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B85,C15,C52,C9
`Chr2:50573380`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B19,B23,B60,C12,C73

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057795896.1

630 aa

315

630

LRRNT_2

LRR_1

Pkinase

PK_Tyr_Ser-Thr

PF08263 LRRNT_2 31-70 aa PF00560 LRR_1 98-120 aa PF00560 LRR_1 122-144 aa PF00560 LRR_1 146-167 aa PF00560 LRR_1 170-187 aa PF00069 Pkinase 307-578 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 309-580 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057795896.1`	Pfam	`PF08263`	LRRNT_2	Family	31	70	7.7e-11	42.8	Leucine rich repeat N-terminal domain
`XP_057795896.1`	Pfam	`PF00560`	LRR_1	Repeat	98	120	2.2e-13	48.2	Leucine Rich Repeat
`XP_057795896.1`	Pfam	`PF00560`	LRR_1	Repeat	122	144	2.2e-13	48.2	Leucine Rich Repeat
`XP_057795896.1`	Pfam	`PF00560`	LRR_1	Repeat	146	167	2.2e-13	48.2	Leucine Rich Repeat
`XP_057795896.1`	Pfam	`PF00560`	LRR_1	Repeat	170	187	2.2e-13	48.2	Leucine Rich Repeat
`XP_057795896.1`	Pfam	`PF00069`	Pkinase	Domain	307	578	3.3e-42	145.4	Protein kinase domain
`XP_057795896.1`	Pfam	`PF07714`	PK_Tyr_Ser-Thr	Domain	309	580	5.6e-44	151.1	Protein tyrosine and serine/threonine kinase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057939913.1
ATAGTCGAGGGGCAGGTCGGGCAGGTCCCCACCGTTTCGGGCAGCTCTCGAGATCACTGGTCAGTGGTCACAGGTCATAGCGAGGCGAGCACACACGCCCAAAAAGAAAGCTAATCATACTTATCCCACTCTACTACTTTCTCTCACCTCGCACCAAAGAGAGAGAGAGAGGGACTCTCCACAAGTTTTTGAAAAGAATGTTTAGAGAGCCATTAAGTTGCCGAGGAAGATATACACTACACTGCAGAAGCATCCAACCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131012003
ATGTATGTTTTTTTGGTGGGAATGGTGAAAAGAGTGAGCTTGGTGATGTGGCTGATGTTTCTGCTCTATCCTTTGAAGTGCATTTATGCTAATATGGAAGGTGATGCTTTACATAGCCTTAGAGCAAACTTGGAGGATCCTAACAATGTGCTACAAAGCTGGGACCCCACGCTTGTCAACCCTTGCACATGGTTCCATGTTACGTGCAACAATGATAACAGTGTAATTAGAGTTGATCTCGGGAATGCTGCTTTATCGGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057795896.1
MYVFLVGMVKRVSLVMWLMFLLYPLKCIYANMEGDALHSLRANLEDPNNVLQSWDPTLVNPCTWFHVTCNNDNSVIRVDLGNAALSGQLVAQLGLLKNLQYLELYSNNITGPIPSDLGNLTNLVSLDLYLNSFTGPIPATLGKLSKLRFLRLNNNSLTGPIPMQLTNISSLQVLDLSNNRLSGAVPDNGSFSLFTPISFANNVDLCGPVTGRPCPGSPPFSPPPPFIPPPPTAYPGGNTAMGTIAGGVAAGAALLFAAPA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器