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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G003001

染色体: Chr02 坐标: 50678986-50681683 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G003001
名称SmilChr02G003001
描述uncharacterized SmilChr02G003001
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向50678986 - 50681683 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131012011
GeneID131012011
locus_tag-
NCBI NameLOC131012011
原始查询SmilChr02G003001

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述Chaperone DnaJ-domain superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:844128]; symbol=AT1G77930; hit=AT1G77930; species=arabidopsis; confidence=high
产物Chaperone DnaJ-domain superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:844128]; symbol=AT1G77930; hit=AT1G77930; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT1G77930 (AT1G77930)
Chaperone DnaJ-domain superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:844128]
identity=67.8; qcov=0.985; evalue=5.21e-127; confidence=high
RiceOs07g0626400 (OsDjC60)
-
identity=72.8; qcov=0.752; evalue=1.7e-103; confidence=high
GO-
KEGG-
PfamPF00226 (DnaJ)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131012011

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Chloroplast 叶绿体 1.00000 XP_057795903.1
2 Chloroplast stroma 叶绿体基质 0.80000 XP_057795903.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057795903.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057795903.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057795903.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:50679340 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B101,B39
Chr2:50679350 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C16
Chr2:50679354 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A6,B74,C14,C83
Chr2:50679363 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B101,B39

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057795903.1
274 aa
N
1
137
274
DnaJ
C
PF00226 DnaJ 85-152 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057795903.1 Pfam PF00226 DnaJ Domain 85 152 4.1e-20 72.4 DnaJ domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057939920.1
GAAACTATCCACATAATATAAAAGGAAAAAAACATTAAAAATGTGAAAATTAGAATTCAACGGTGATTCACTGAAACTCGGAGAGATTCTGAATTAGAAGACAAAAACATCAGCCAATCTAATTTTCCAAGACTCTTCCTTCACGTCTTCACCATAACCCAATTCATTTCTAGAATTCCGTCGAAATTTTAAATAAATACTTCAGAATCCGACGAGATTAGCTGGTGGTAGCTGGAGACGATGAGCAATCTGAGGGCTAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131012011
ATGAGCAATCTGAGGGCTATATGCAAGCCCCACGCCGTGTTCGCTTCCATGGCGTGTTGCTACAGATCGATGGGTAGGGTTTTGTCGGTTGAAAAGCACAATTGCAGCTTGGGTCGTCCGCCGCCGCCGCGTTATTTCGCGGTTTGGTTCGATAGATTGGGGGAACAGAGACGGTATGAACCGCGGGTGAGGCAGAATCGGCAGAGGAGAATGGTTGCTACCAAGGCTTCCAATTGGACGAATTCCAAATCTCCCTATGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057795903.1
MSNLRAICKPHAVFASMACCYRSMGRVLSVEKHNCSLGRPPPPRYFAVWFDRLGEQRRYEPRVRQNRQRRMVATKASNWTNSKSPYETLELERDANEEQIKVAYRRLAKFYHPDVYNGRGTLDEDETAETRFIKIQAAYELLIDEEKRRQYDIDNRVNPMKASQAWLEWLLKKRKAFDQRGDMAIAAWAEQQQLELNLRARRLARSKIDPEEERKILVKEKKASIENFNNTLRRHTLILKKRDLNRRKAEEEKKKIIGQL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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