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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G003028

染色体: Chr02 坐标: 50995293-50996129 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G003028
名称SmilChr02G003028
描述uncharacterized SmilChr02G003028
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向50995293 - 50996129 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131010049
GeneID131010049
locus_tag-
NCBI NameLOC131010049
原始查询SmilChr02G003028

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述serine protease inhibitor, Kazal-type family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828124]; symbol=AT4G01575; hit=AT4G01575; species=arabidopsis; confidence=medium
产物serine protease inhibitor, Kazal-type family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828124]; symbol=AT4G01575; hit=AT4G01575; species=arabidopsis; confidence=medium
ArabidopsisAT4G01575 (AT4G01575)
serine protease inhibitor, Kazal-type family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828124]
identity=49.2; qcov=1.03; evalue=4.35e-35; confidence=medium
RiceOs10g0140900
-
identity=63.4; qcov=0.325; evalue=9.14e-11; confidence=low
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131010049

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057793428.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057793428.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057793428.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057793428.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057793428.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:50995494 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B29
Chr2:50995499 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B65
Chr2:50995517 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A13,A14,B121,B22,B28
Chr2:50995559 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B123,B134,B33
Chr2:50995576 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B126,B17,B52,C62
Chr2:50995675 CGG C 2bp_deletion frameshift_variant 4 B2,B36,B83,C57
Chr2:50995675 CGG C 2bp_deletion CDS_variant 4 B2,B36,B83,C57
Chr2:50995679 A ATG 2bp_insertion frameshift_variant 4 B2,B36,B83,C57
Chr2:50995679 A ATG 2bp_insertion CDS_variant 4 B2,B36,B83,C57
Chr2:50995769 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 5 B136,B46,B71,B98,D2
Chr2:50995769 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B136,B46,B71,B98,D2
Chr2:50995781 C CG 1bp_insertion frameshift_variant 3 A20,B22,C19

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057937445.1
ATCAATCTGTCCAACTGTCCAACACCTAGAAAAAAGAAAAAGTAAACCCCAAATAAAAGAAACCCTAGAATTTGAAATTTCTTGCGGTAAGAGAGATAAAAAAATAGCTGGATCCAGAACCGTCGAGAGGTCGCCGAAATGCGCTTATTCACCGGCAAACCGCCTTCAATTTTCATCCTCGCCGTTTTCCTCACCGCCCTTCTCCTCCCCGCCGCCCGATCCGACCCTAATCTGCTGAAGCTGCCGTCTGATCAGCCAGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131010049
ATGCGCTTATTCACCGGCAAACCGCCTTCAATTTTCATCCTCGCCGTTTTCCTCACCGCCCTTCTCCTCCCCGCCGCCCGATCCGACCCTAATCTGCTGAAGCTGCCGTCTGATCAGCCAGAAAACGACCTCTGCCCGTTGAATTCGGAACCGTATATGTGCCCCGTAAAATGCTTCCGGCCCGACCCGGTTTGCGGGGTGGACGGCGTGACCTATTGGTGCGGCTGCGCAGAGGCCCATTGTGCGGGAGCGCGTGTGAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057793428.1
MRLFTGKPPSIFILAVFLTALLLPAARSDPNLLKLPSDQPENDLCPLNSEPYMCPVKCFRPDPVCGVDGVTYWCGCAEAHCAGARVKKFGYCEVGNGGSGPAGQALLLVHIIWLILLGVFVLFGLL

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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