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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G003035

染色体: Chr02 坐标: 51057441-51058186 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G003035
名称SmilChr02G003035
描述O-fucosyltransferase 23-like
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向51057441 - 51058186 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131010053
GeneID131010053
locus_tag-
NCBI NameLOC131010053
原始查询SmilChr02G003035

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述O-fucosyltransferase 23-like
产物O-fucosyltransferase 23-like
ArabidopsisAT3G05320 (AT3G05320)
O-fucosyltransferase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819696]
identity=61.2; qcov=0.667; evalue=6.01e-29; confidence=medium
RiceOs02g0168500
-
identity=55.2; qcov=0.653; evalue=3.03e-31; confidence=medium
GOGO:0009875 (pollen-pistil interaction)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131010053

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endoplasmic reticulum 内质网 0.60000 XP_057793431.1
2 Golgi apparatus 高尔基体 0.40000 XP_057793431.1
3 Vacuole 液泡 0.20000 XP_057793431.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057793431.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057793431.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:51057485 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C83
Chr2:51057494 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B14,C34
Chr2:51057582 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B100,B14,B52,C34
Chr2:51057595 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr2:51057631 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C28,D7
Chr2:51057679 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C38,C5
Chr2:51057703 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B98
Chr2:51057724 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B114,B128,B51,B86
Chr2:51057748 A AAT 2bp_insertion frameshift_variant 1 B9
Chr2:51057748 A AAT 2bp_insertion CDS_variant 1 B9
Chr2:51057763 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A16,B29,D10
Chr2:51057875 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B131,B140,B32

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057937448.1
ATGATCTCCTTGAAGATAACTCCGTACTCGAGGGGTAGGGCAAAGGTTTGCTTCCTTTCGAGAAGAAGAAGTTGGGAGAAGAAGAAGTTGGGTGTTCTTGACACGTACAAGAAGCACCCCTATCTGATTCAATCGGCTATAGACTATGAAGTTTGCTTGAGATCTGATGTGTTTGTGGGGAACACCTTCTCGACTTTCTCCAGCCTTATTGTTCTTGACAGAACTCAATTGATGATCAGCAAGGGTCTTACACAACAGTG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131010053
ATGATCTCCTTGAAGATAACTCCGTACTCGAGGGGTAGGGCAAAGGTTTGCTTCCTTTCGAGAAGAAGAAGTTGGGAGAAGAAGAAGTTGGGTGTTCTTGACACGTACAAGAAGCACCCCTATCTGATTCAATCGGCTATAGACTATGAAGTTTGCTTGAGATCTGATGTGTTTGTGGGGAACACCTTCTCGACTTTCTCCAGCCTTATTGTTCTTGACAGAACTCAATTGATGATCAGCAAGGGTCTTACACAACAGTG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057793431.1
MISLKITPYSRGRAKVCFLSRRRSWEKKKLGVLDTYKKHPYLIQSAIDYEVCLRSDVFVGNTFSTFSSLIVLDRTQLMISKGLTQQCGLDVRWPSYAYNLEGELNGPRPWAANMSDDAVFDKFGGKPSTPFCRWHEVHDFGLVYLQC

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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