当前解析结果
SmilChr02G003073| 统一新 Gene ID | SmilChr02G003073 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr02G003073 |
| 描述 | sucrose transport protein-like |
| 染色体 / SeqID | Chr02 / NC_080388.1 |
| 坐标与链方向 | 51579520 - 51584480 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131010089 |
|---|---|
| GeneID | 131010089 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131010089 |
| 原始查询 | SmilChr02G003073 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | sucrose transport protein-like |
| 产物 | sucrose transport protein-like |
| Arabidopsis | AT1G22710 (SUC2)sucrose-proton symporter 2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838877] identity=65.2; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high |
| Rice | Os12g0641400 (OsSUT2)- identity=50.7; qcov=0.927; evalue=3.81e-146; confidence=high |
| GO | GO:0005773 (vacuole); GO:0005886 (plasma membrane); GO:0008506 (sucrose:proton symporter activity); GO:0015770 (sucrose transport) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF03209 (PUCC); PF13347 (MFS_2) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131010089 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cell membrane | 细胞膜 | 1.00000 | XP_057793461.1 |
| 2 | Vacuole | 液泡 | 0.20000 | XP_057793461.1 |
| 3 | Vacuole membrane | 液泡膜 | 0.20000 | XP_057793461.1 |
| 4 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057793461.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057793461.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr2:51579791 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B67,C61 |
Chr2:51583098 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B35,C36 |
Chr2:51583224 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B56,B96 |
Chr2:51583251 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B61,C47 |
Chr2:51583265 |
TC |
T |
1bp_deletion | frameshift_variant | 1 | B94 |
Chr2:51583265 |
TC |
T |
1bp_deletion | CDS_variant | 1 | B94 |
Chr2:51583353 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B89 |
Chr2:51583428 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C7 |
Chr2:51583440 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B135,B74,C19,C53 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057793461.1PF13347
MFS_2 34-293 aa
PF03209
PUCC 79-240 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057793461.1 |
Pfam | PF13347 |
MFS_2 | Family | 34 | 293 | 6.8e-14 | 52.0 | MFS/sugar transport protein |
XP_057793461.1 |
Pfam | PF03209 |
PUCC | Family | 79 | 240 | 1.2e-05 | 25.2 | PUCC protein |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。