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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G003077

染色体: Chr02 坐标: 51691094-51692999 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G003077
名称SmilChr02G003077
描述protein DETOXIFICATION 54-like
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向51691094 - 51692999 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131010093
GeneID131010093
locus_tag-
NCBI NameLOC131010093
原始查询SmilChr02G003077

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述protein DETOXIFICATION 54-like
产物protein DETOXIFICATION 54-like
ArabidopsisAT1G71870 (AT1G71870)
MATE efflux family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843518]
identity=72.3; qcov=1.02; evalue=0; confidence=high
RiceOs03g0839200 (OSJNBa0042I09.8)
-
identity=60.2; qcov=0.954; evalue=4.83e-172; confidence=high
GOGO:0015297 (antiporter activity); GO:0016020 (membrane); GO:0042910 (xenobiotic transmembrane transporter activity); GO:1990961 (xenobiotic detoxification by transmembrane export across the plasma membrane)
KEGG-
PfamPF01554 (MatE)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131010093

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Vacuole 液泡 0.80000 XP_057793468.1
2 Vacuole membrane 液泡膜 0.80000 XP_057793468.1
3 Cell membrane 细胞膜 0.20000 XP_057793468.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057793468.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057793468.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:51691371 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C1
Chr2:51691551 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B29,B49,B60,B79
Chr2:51691564 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C59
Chr2:51691574 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C85
Chr2:51691619 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B56
Chr2:51691837 AC A 1bp_deletion frameshift_variant 1 C39
Chr2:51691837 AC A 1bp_deletion CDS_variant 1 C39
Chr2:51691842 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C39
Chr2:51691890 A ACC 2bp_insertion frameshift_variant 1 B78
Chr2:51691890 A ACC 2bp_insertion CDS_variant 1 B78
Chr2:51692006 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A16
Chr2:51692009 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B60

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057793468.1
479 aa
N
1
240
479
MatE
MatE
C
PF01554 MatE 32-191 aa PF01554 MatE 249-410 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057793468.1 Pfam PF01554 MatE Family 32 191 9.8e-64 214.6 MatE
XP_057793468.1 Pfam PF01554 MatE Family 249 410 9.8e-64 214.6 MatE

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057937485.1
TAAATATGTAATCTTGTATGCTCTCGAGTTGCTACAATTCCTTCATCAAAAATCCTAGAATCTTCAACTTCCGCAAGAATTCCAAGTTCATCATTTGCAGAAATGGCAGAAAAAATGCGGGATTTTTACTCTCACAGACATCCCACATCATCCCAGGTGGTAGAGGAAATGAAGGAACTATGGCAAATGGTGCTCCCCATAACTGCAATGAACTTCCTGGTGTACGTCCGAGCCGTGGTCTCCGTGTTGTTCCTGGGCCG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131010093
ATGGCAGAAAAAATGCGGGATTTTTACTCTCACAGACATCCCACATCATCCCAGGTGGTAGAGGAAATGAAGGAACTATGGCAAATGGTGCTCCCCATAACTGCAATGAACTTCCTGGTGTACGTCCGAGCCGTGGTCTCCGTGTTGTTCCTGGGCCGTCTGGGCAGCTTGGAGCTGGCCGGCGGCGCGCTGTCGATCGGGTTCACCAACATCACCGGCTACTCGGTTCTGGTGGGCTTGGCCTCCGGGCTGGAGCCGGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057793468.1
MAEKMRDFYSHRHPTSSQVVEEMKELWQMVLPITAMNFLVYVRAVVSVLFLGRLGSLELAGGALSIGFTNITGYSVLVGLASGLEPVCSQAYGSKNWELLFVSLHRMILILLVAIVPIGALWVNLEPIMLFMGQDAEITSTAAAYCLYSLPDLFTNTLLQPLRVYLRSQGVTKPQMWCTLTAVAFHVPLNYALVVVAGWGVRGVALASVLTNLHMMVLMMGYVCVYGRWEWKWGGGGGGIGALLKLAVPSCLGICLEWWW...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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