Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G003080`

染色体: Chr02 坐标: 51724071-51725902 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G003080`
名称	SmilChr02G003080
描述	uncharacterized SmilChr02G003080
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	51724071 - 51725902 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131010096`
GeneID	`131010096`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131010096`
原始查询	`SmilChr02G003080`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	confidence=no_hit
产物	confidence=no_hit
Arabidopsis	`-` -
Rice	`-` -
GO	GO:0006508 (proteolysis); GO:0008234 (cysteine-type peptidase activity)
KEGG	-
Pfam	PF02902 (Peptidase_C48)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131010096

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057793478.1`
2	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057793478.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057793478.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057793478.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057793478.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:51724210`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B38,B39
`Chr2:51724215`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A3,B8
`Chr2:51724217`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A8,C71,C84
`Chr2:51724218`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B38,B39
`Chr2:51724223`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A8,C84
`Chr2:51724230`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B2,B51,B89,C18,C83
`Chr2:51724252`	`A`	`AG`	1bp_insertion	frameshift_variant	1	A5
`Chr2:51724252`	`A`	`AG`	1bp_insertion	CDS_variant	1	A5
`Chr2:51724267`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B83,B85,C37,C52,C84
`Chr2:51724268`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	C26,C33,C50
`Chr2:51724293`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B117,B60,B61,B87,D9
`Chr2:51724294`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B61

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057793478.1

163 aa

163

Peptidase_C48

PF02902 Peptidase_C48 44-161 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057793478.1`	Pfam	`PF02902`	Peptidase_C48	Domain	44	161	6.9e-05	23.5	Ulp1 protease family, C-terminal catalytic domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057937495.1
AAGACACAAGTAACCAAAATGACATAGTTTAGGACTTATATAGCCACCACTTATAATACATGACTTTAGGGGTCAAAACCCATTGAAAAGACAAAACAACCCTTACTTATAACTAAATAAAAAAAAAAAAAAAACTAAAATAAATCTTAACTTACAAAATATAAAATAAAACAAAATAAAAATCTGGAATTTGACTTAACAATTAAAAAGAAAAAAAAGAAAGGAAAAAGCCCTAAAGAAATTAAATCTCCCTGCGCTTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131010096
ATGGTATTGCATAGTGAGTTTGAAAAACTCCACGGACCAAAGCCGAGTGGAGTTCATATTGGTGTGAAAAGCCTATACAATTATTGGACTCCACCGAAGGGATTGGTGACAGACGTGAGTGAATGGGGGAAGGCGAAACAGGTCATTATCATATGTAATGTCGGTCGTCGTCATTGGGTCATCGTCCGTGTACTATTGCACGAATGGATTGTAGAGTTGTACGATTCTTTGGCCTTCAAGTACGACACTGAGGTCGGGGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057793478.1
MVLHSEFEKLHGPKPSGVHIGVKSLYNYWTPPKGLVTDVSEWGKAKQVIIICNVGRRHWVIVRVLLHEWIVELYDSLAFKYDTEVGVSLAARTSELKLITRLLPRLLRKAGYWQHHDSRLEQLYEISLTVMPSRDQFFQTDSVSCGPFCTMILDRLLTRTKHH

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器