Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G003084`

染色体: Chr02 坐标: 51747832-51748908 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G003084`
名称	SmilChr02G003084
描述	uncharacterized SmilChr02G003084
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	51747832 - 51748908 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131009698`
GeneID	`131009698`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131009698`
原始查询	`SmilChr02G003084`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os12g0156200; species=rice; confidence=low
产物	hit=Os12g0156200; species=rice; confidence=low
Arabidopsis	`AT3G31430` (AT3G31430) zinc knuckle (CCHC-type) family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:822909] identity=31.2; qcov=0.52; evalue=2.8e-16; confidence=low
Rice	`Os12g0156200` - identity=29.7; qcov=0.592; evalue=5.57e-26; confidence=low
GO	GO:0003676 (nucleic acid binding); GO:0008270 (zinc ion binding)
KEGG	-
Pfam	PF14111 (DUF4283); PF14392 (zf-CCHC_4)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131009698

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057793093.1`
2	Nucleus	细胞核	0.60000	`XP_057793093.1`
3	Cytosol	细胞质基质	0.60000	`XP_057793093.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057793093.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057793093.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:51747873`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B123
`Chr2:51747918`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C26
`Chr2:51747925`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B100,B32,C28,C55,D8
`Chr2:51747967`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C19,C27
`Chr2:51748013`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	2	B105,C34
`Chr2:51748013`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B105,C34
`Chr2:51748027`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B6,C34,C58
`Chr2:51748028`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B25,B49,C37,C80
`Chr2:51748032`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B123
`Chr2:51748183`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	5	A3,B12,B124,B49,B79
`Chr2:51748183`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A3,B12,B124,B49,B79
`Chr2:51748242`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B13,B40,B49,C44,C62

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057793093.1

358 aa

179

358

DUF4283

zf-CCHC_4

PF14111 DUF4283 32-115 aa PF14392 zf-CCHC_4 172-218 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057793093.1`	Pfam	`PF14111`	DUF4283	Domain	32	115	1.6e-11	44.4	Domain of unknown function (DUF4283)
`XP_057793093.1`	Pfam	`PF14392`	zf-CCHC_4	Domain	172	218	3.2e-11	43.4	Zinc knuckle

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057937110.1
ATGGCTTCCTCGAACCCAAACAACAAGGAAGATCAAAAGCAGGAGGAAGATGAAGAGCCTATCATTATTCAAACCTCAAATATCTCGGATGCAGATCAGATTTCCCTCACTCTGGTAGGTAGAGTGTGGACGGAACGCTCTGTGAATGCTTTTGGCCTCATGGACACTATGAAGCAGATCTGGAATCCTGCGAAGGGTGTCACATGTCGTGAGATACAGACAAACCTGTTCTCCTTCCAGTTCAACAGTTCGCGCGATGT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131009698
ATGGCTTCCTCGAACCCAAACAACAAGGAAGATCAAAAGCAGGAGGAAGATGAAGAGCCTATCATTATTCAAACCTCAAATATCTCGGATGCAGATCAGATTTCCCTCACTCTGGTAGGTAGAGTGTGGACGGAACGCTCTGTGAATGCTTTTGGCCTCATGGACACTATGAAGCAGATCTGGAATCCTGCGAAGGGTGTCACATGTCGTGAGATACAGACAAACCTGTTCTCCTTCCAGTTCAACAGTTCGCGCGATGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057793093.1
MASSNPNNKEDQKQEEDEEPIIIQTSNISDADQISLTLVGRVWTERSVNAFGLMDTMKQIWNPAKGVTCREIQTNLFSFQFNSSRDVERVKAGQPWHFNKDVLVLQPVQPKIQPSAMQFTSVPFWIRIYDLPMAGRSPEVIKNLGKRLGNFLEFDESSTSGLTRSIRIRVVVDIQKPLRRGLNIIMDGSTLWLPIKYERLPSFCYGCGKLGHMLKDCEDVITEDGQAEGRKRFDESIRASPMKNSKKLVSSGRTSKNIFQ...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器