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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G003096

染色体: Chr02 坐标: 51829447-51832225 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G003096
名称SmilChr02G003096
描述protein DMP7-like
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向51829447 - 51832225 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131010108
GeneID131010108
locus_tag-
NCBI NameLOC131010108
原始查询SmilChr02G003096

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述protein DMP7-like
产物protein DMP7-like
ArabidopsisAT5G46090 (AT5G46090)
transmembrane protein, putative (DUF679) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834650]
identity=32; qcov=0.772; evalue=1.02e-30; confidence=low
RiceOs01g0882400
-
identity=62.4; qcov=0.719; evalue=4.57e-75; confidence=high
GOGO:0010256 (endomembrane system organization)
KEGG-
PfamPF05078 (DUF679)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131010108

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Vacuole membrane 液泡膜 0.80000 XP_057793492.1
2 Endoplasmic reticulum 内质网 0.60000 XP_057793492.1
3 Vacuole 液泡 0.60000 XP_057793492.1
4 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 0.40000 XP_057793492.1
5 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057793492.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:51829751 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B46,B55,B8,C8,D4
Chr2:51829877 C CA 1bp_insertion frameshift_variant 8 A3,B102,B124,B91,C48,C51,C87,D2
Chr2:51830123 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A9,D1
Chr2:51830339 GT G 1bp_deletion frameshift_variant 93 A11,A14,A20,A21,A23,A24,A4,A7,B101,B104,B107,B11,B110,B113,B115,B117,B12,B120,B122,B125,B127,B129,B13,B14,B140,B22,B23,B24,B28,B3,B31,B37,B4,B40,B41,B42,B43,B46,B48,B5,B51,B52,B54,B55,B59,B63,B67,B69,B77,B79,B80,B81,B83,B87,B88,B89,B90,B91,B92,B95,B97,B98,C11,C14,C16,C18,C19,C2,C22,C24,C27,C36,C4,C40,C41,C42,C44,C54,C55,C64,C65,C66,C69,C7,C73,C76,C8,C81,C83,C9,D3,D7,D8
Chr2:51830341 GGT G 2bp_deletion frameshift_variant 93 A11,A14,A20,A21,A23,A24,A4,A7,B101,B104,B107,B11,B110,B113,B115,B117,B12,B120,B122,B125,B127,B129,B13,B14,B140,B22,B23,B24,B28,B3,B31,B37,B4,B40,B41,B42,B43,B46,B48,B5,B51,B52,B54,B55,B59,B63,B67,B69,B77,B79,B80,B81,B83,B87,B88,B89,B90,B91,B92,B95,B97,B98,C11,C14,C16,C18,C19,C2,C22,C24,C27,C36,C4,C40,C41,C42,C44,C54,C55,C64,C65,C66,C69,C7,C73,C76,C8,C81,C83,C9,D3,D7,D8
Chr2:51830396 C CAT 2bp_insertion frameshift_variant 8 B103,B12,B129,B21,B37,B46,B68,B73

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057793492.1
263 aa
N
1
132
263
DUF679
C
PF05078 DUF679 93-250 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057793492.1 Pfam PF05078 DUF679 Family 93 250 3.5e-52 177.3 Protein of unknown function (DUF679)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057937509.1
AACTCCGTTGATTTTCGAACATGTGTCCTGTTTTATCTTGTTTTTATGTTATGATACAGGTCCCGTGTCAGAATATGAACGGTTTAGAAATGTACCTTGATTCTTGTTGTTGCCTCTGCCCTTGAAACATCCTAGGAAACCTTGCTTGCTTGCCTGCGTGGAGATGGATATTTTGTGATAAAATGTCTAAGTTGTTGAAGATGGTGAGCATTTATTCATTAGGTTGAAGGTATTATAAGATCTCGAAATCTTGGTCATAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131010108
ATGATAGAAAGCAAGGAATGGCTTCTCTTCCTTCATCACATCAAGGAATCTCATGTTCATACAAATTCACCTAATCAGCAACAACTCTCCCTCCTCCATTATACAAGATTGCAACCAAATCCAGTATCCAACATGTCAGGAAGCATCACTGAACATCTGAGGGGGAGCACGGACCCCGAGGGCGACTACCACGATGGCAACGGTGGGGCTTCCGATCAAGAAGAAGACGATGTAGACAACTCCAACTACATATATGTCGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057793492.1
MIESKEWLLFLHHIKESHVHTNSPNQQQLSLLHYTRLQPNPVSNMSGSITEHLRGSTDPEGDYHDGNGGASDQEEDDVDNSNYIYVVNTILSGTARLNVLLPTATILAFSIFAPLLTNDGKCTTSDRWLMGCFLALSGTSCVFFSLTDSFRTSSGRLYYGVATLHSIRNFGGGRARPRLPPEYRLRWSDVYHASLSLVAFLTFALLHNDVLSCYQMVLARKFINTFPLVVGFVISLLFVLFPSKRRGIGYPFLLQIDAFH...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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