当前解析结果
SmilChr02G003098| 统一新 Gene ID | SmilChr02G003098 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr02G003098 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr02G003098 |
| 染色体 / SeqID | Chr02 / NC_080388.1 |
| 坐标与链方向 | 51843357 - 51846860 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131009702 |
|---|---|
| GeneID | 131009702 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131009702 |
| 原始查询 | SmilChr02G003098 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | hit=Os02g0118800; species=rice; confidence=low |
| 产物 | hit=Os02g0118800; species=rice; confidence=low |
| Arabidopsis | AT4G29090 (AT4G29090)Ribonuclease H-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829030] identity=27; qcov=0.734; evalue=2.53e-09; confidence=low |
| Rice | Os02g0118800- identity=28; qcov=0.68; evalue=5.44e-15; confidence=low |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF13966 (zf-RVT) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131009702 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.80000 | XP_057793096.1 |
| 2 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.60000 | XP_057793096.1 |
| 3 | Cell membrane | 细胞膜 | 0.60000 | XP_057793096.1 |
| 4 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057793096.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057793096.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr2:51843369 |
GA |
G |
1bp_deletion | frameshift_variant | 23 | A16,B100,B117,B119,B128,B130,B138,B26,B73,B77,B80,B88,C13,C28,C31,C39,C49,C50,C57,C75,C86,D1,D4 |
Chr2:51843397 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D10 |
Chr2:51843417 |
T |
TA |
1bp_insertion | frameshift_variant | 18 | A15,A6,A8,B19,B46,B53,B64,B71,B75,B86,B99,C16,C28,C29,C35,C45,C47,C75 |
Chr2:51843513 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C10,C18 |
Chr2:51843594 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D10 |
Chr2:51843603 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B74 |
Chr2:51843615 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B62,C28,C35 |
Chr2:51843691 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B62,C28,C35 |
Chr2:51843694 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B62,C28,C35 |
Chr2:51843711 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C23,C36 |
Chr2:51843725 |
C |
CAT |
2bp_insertion | frameshift_variant | 124 | A11,A14,A20,A21,A23,A24,A4,A9,B101,B104,B106,B107,B11,B110,B111,B113,B115,B117,B12,B120,B121,B122,B127,B129,B13,B130,B133,B138,B139,B14,B140,B18,B22,B23,B24,B27,B28,B3,B31,B32,B35,B37,B38,B39,B4,B40,B41,B42,B43,B47,B48,B51,B52,B53,B54,B58,B59,B6,B63,B65,B67,B69,B73,B75,B77,B78,B79,B80,B81,B83,B86,B88,B89,B90,B91,B92,B93,B97,B98,C10,C11,C13,C16,C17,C18,C19,C2,C21,C22,C27,C31,C32,C34,C36,C4,C40,C41,C42,C43,C44,C45,C47,C54,C55,C56,C59,C63,C64,C66,C68,C69,C7,C73,C76,C78,C8,C81,C83,C84,C9,D11,D3,D7,D8 |
Chr2:51843753 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B95 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057793096.1PF13966
zf-RVT 80-174 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057793096.1 |
Pfam | PF13966 |
zf-RVT | Domain | 80 | 174 | 4.1e-16 | 60.1 | zinc-binding in reverse transcriptase |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。