Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G003107`

染色体: Chr02 坐标: 52039649-52041579 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G003107`
名称	SmilChr02G003107
描述	glucan endo-1,3-beta-glucosidase, acidic-like
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	52039649 - 52041579 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131010116`
GeneID	`131010116`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131010116`
原始查询	`SmilChr02G003107`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	glucan endo-1,3-beta-glucosidase, acidic-like
产物	glucan endo-1%2C3-beta-glucosidase%2C acidic-like
Arabidopsis	`AT4G16260` (AT4G16260) Glycosyl hydrolase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827320] identity=38.6; qcov=0.981; evalue=2.66e-77; confidence=medium
Rice	`Os01g0940700` (OsPR2) - identity=36.8; qcov=0.981; evalue=1.86e-63; confidence=medium
GO	GO:0004553 (hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds); GO:0005886 (plasma membrane); GO:0005975 (carbohydrate metabolic process)
KEGG	-
Pfam	PF00332 (Glyco_hydro_17)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131010116

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Secreted	分泌到胞外	1.00000	`XP_057793507.1`
2	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057793507.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057793507.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057793507.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057793507.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:52040024`	`GC`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B118
`Chr2:52040024`	`GC`	`G`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B118
`Chr2:52040090`	`GT`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	34	A8,B10,B105,B135,B16,B2,B43,B50,B55,B57,B62,B90,B96,C13,C14,C20,C4,C40,C48,C51,C56,C57,C59,C64,C65,C66,C69,C76,C77,C82,C86,C87,D2,D4
`Chr2:52040094`	`G`	`GA`	1bp_insertion	frameshift_variant	35	A8,B10,B105,B113,B135,B16,B2,B43,B50,B55,B57,B62,B90,B96,C13,C14,C20,C4,C40,C48,C51,C56,C57,C59,C64,C65,C66,C69,C76,C77,C82,C86,C87,D2,D4
`Chr2:52040256`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D4
`Chr2:52040260`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B36,C37
`Chr2:52040347`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D4
`Chr2:52040355`	`TG`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	C33
`Chr2:52040355`	`TG`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	1	C33
`Chr2:52040442`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B136
`Chr2:52040471`	`TG`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	2	B44,B50
`Chr2:52040471`	`TG`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	2	B44,B50

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057793507.1

377 aa

188

377

Glyco_hydro_17

PF00332 Glyco_hydro_17 35-253 aa PF00332 Glyco_hydro_17 309-373 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057793507.1`	Pfam	`PF00332`	Glyco_hydro_17	Domain	35	253	1.1e-62	213.2	Glycosyl hydrolases family 17
`XP_057793507.1`	Pfam	`PF00332`	Glyco_hydro_17	Domain	309	373	1.1e-62	213.2	Glycosyl hydrolases family 17

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057937524.1
ACAAGTTGTATCACATTTCTATAAAAGGAATTTTGGGGTTTGGGGACCAATTGCATAGCTTATCGGTCCATTCTCGATGGCTGCACCGACAACCCAAAATCACTTCAAACATACAATGCTCCTACTCGGACTGCTCATCCTCACCTCTCTTCATCCCACAGCTGGTCAGGTGGGCAGTTTCTTCGGGAGGCTAGGGACTAACTTGCCCGGCGCAGCAACAACTGTGGGCATATACCAGCAGAACAACATCCGCAGAATGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131010116
ATGGCTGCACCGACAACCCAAAATCACTTCAAACATACAATGCTCCTACTCGGACTGCTCATCCTCACCTCTCTTCATCCCACAGCTGGTCAGGTGGGCAGTTTCTTCGGGAGGCTAGGGACTAACTTGCCCGGCGCAGCAACAACTGTGGGCATATACCAGCAGAACAACATCCGCAGAATGCGGCTGTTCGACCCCCACGCGCCGACTCTCCGCGCCCTCAGCGGCACCAACATCCGCCTCATGATGGGCGTGTCGCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057793507.1
MAAPTTQNHFKHTMLLLGLLILTSLHPTAGQVGSFFGRLGTNLPGAATTVGIYQQNNIRRMRLFDPHAPTLRALSGTNIRLMMGVSHPDLRDLANCPQAATAWVSRNILRFPNVTFRYIIVGNEIEPESELGPFVFPAMQNVYRAIRAAGLGGRIQVSTSIQINLLTMWNPPQAAEFKCSVNWFIRPILEFIRDTSASIHLNVFPFYAYLNDRANINLSFALLQPNSGVVLGGVYYDNLFYAIHDAFVAAMGKILAAATP...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器