当前解析结果
SmilChr02G003110| 统一新 Gene ID | SmilChr02G003110 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr02G003110 |
| 描述 | glucan endo-1,3-beta-glucosidase-like |
| 染色体 / SeqID | Chr02 / NC_080388.1 |
| 坐标与链方向 | 52075593 - 52077793 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131010118 |
|---|---|
| GeneID | 131010118 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131010118 |
| 原始查询 | SmilChr02G003110 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | glucan endo-1,3-beta-glucosidase-like |
| 产物 | glucan endo-1%2C3-beta-glucosidase-like |
| Arabidopsis | AT3G57270 (BG1)beta-1,3-glucanase 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824894] identity=45.5; qcov=0.937; evalue=1.36e-98; confidence=high |
| Rice | Os01g0946500- identity=44.6; qcov=0.932; evalue=4.97e-93; confidence=medium |
| GO | GO:0004553 (hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds); GO:0005886 (plasma membrane); GO:0005975 (carbohydrate metabolic process) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00332 (Glyco_hydro_17) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131010118 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Secreted | 分泌到胞外 | 1.00000 | XP_057793510.1 |
| 2 | Cell wall | 细胞壁 | 0.20000 | XP_057793510.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057793510.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057793510.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057793510.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr2:52075829 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B31 |
Chr2:52076010 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B29 |
Chr2:52076052 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B1 |
Chr2:52076678 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C7 |
Chr2:52076768 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | C16,C43,C49,C74 |
Chr2:52076998 |
TG |
T |
1bp_deletion | frameshift_variant | 1 | B28 |
Chr2:52076998 |
TG |
T |
1bp_deletion | CDS_variant | 1 | B28 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057793510.1PF00332
Glyco_hydro_17 31-262 aa
PF00332
Glyco_hydro_17 278-365 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057793510.1 |
Pfam | PF00332 |
Glyco_hydro_17 | Domain | 31 | 262 | 4.7e-86 | 289.9 | Glycosyl hydrolases family 17 |
XP_057793510.1 |
Pfam | PF00332 |
Glyco_hydro_17 | Domain | 278 | 365 | 4.7e-86 | 289.9 | Glycosyl hydrolases family 17 |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。