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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G003113

染色体: Chr02 坐标: 52118279-52132077 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G003113
名称SmilChr02G003113
描述LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase EFR
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向52118279 - 52132077 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131010119
GeneID131010119
locus_tag-
NCBI NameLOC131010119
原始查询SmilChr02G003113

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase EFR
产物LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase EFR
ArabidopsisAT5G46330 (FLS2)
Leucine-rich receptor-like protein kinase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834676]
identity=33.9; qcov=0.995; evalue=0; confidence=low
RiceOs11g0694600
-
identity=39; qcov=0.977; evalue=0; confidence=medium
GOGO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005515 (protein binding); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006468 (protein phosphorylation)
KEGGsmil04016 (MAPK signaling pathway - plant - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil04626 (Plant-pathogen interaction - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF00069 (Pkinase); PF00560 (LRR_1); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr); PF08263 (LRRNT_2); PF13855 (LRR_8)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131010119

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057793512.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057793512.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057793512.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057793512.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057793512.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:52118767 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C32,C68
Chr2:52118972 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B34,B45,C79,C83,D3
Chr2:52118981 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C85
Chr2:52119020 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C85
Chr2:52119024 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C32,C68,C85
Chr2:52129326 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B140
Chr2:52129404 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B102,B124,B91,C87,D2
Chr2:52129446 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B123,B136,B26,C32,D5
Chr2:52130725 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B131,C53
Chr2:52131761 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B30,B36,C37
Chr2:52131940 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A2,B122,C60,C61,D4

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057793512.1
1150 aa
N
1
575
1150
LRRNT_2
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_8
LRR_8
LRR_1
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF08263 LRRNT_2 40-79 aa PF00560 LRR_1 110-131 aa PF00560 LRR_1 158-178 aa PF00560 LRR_1 206-228 aa PF00560 LRR_1 231-252 aa PF13855 LRR_8 279-338 aa PF13855 LRR_8 302-362 aa PF00560 LRR_1 352-372 aa PF00560 LRR_1 425-446 aa PF13855 LRR_8 554-613 aa PF00560 LRR_1 602-622 aa PF00560 LRR_1 676-695 aa PF00560 LRR_1 698-720 aa PF00560 LRR_1 722-744 aa PF00069 Pkinase 864-1132 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 867-1132 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057793512.1 Pfam PF08263 LRRNT_2 Family 40 79 6.3e-10 39.9 Leucine rich repeat N-terminal domain
XP_057793512.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 110 131 3.4e-57 178.7 Leucine Rich Repeat
XP_057793512.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 158 178 3.4e-57 178.7 Leucine Rich Repeat
XP_057793512.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 206 228 3.4e-57 178.7 Leucine Rich Repeat
XP_057793512.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 231 252 3.4e-57 178.7 Leucine Rich Repeat
XP_057793512.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 279 338 5.1e-45 151.8 Leucine rich repeat
XP_057793512.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 302 362 5.1e-45 151.8 Leucine rich repeat
XP_057793512.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 352 372 3.4e-57 178.7 Leucine Rich Repeat
XP_057793512.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 425 446 3.4e-57 178.7 Leucine Rich Repeat
XP_057793512.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 554 613 5.1e-45 151.8 Leucine rich repeat
XP_057793512.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 602 622 3.4e-57 178.7 Leucine Rich Repeat
XP_057793512.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 676 695 3.4e-57 178.7 Leucine Rich Repeat
XP_057793512.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 698 720 3.4e-57 178.7 Leucine Rich Repeat
XP_057793512.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 722 744 3.4e-57 178.7 Leucine Rich Repeat
XP_057793512.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 864 1132 1.1e-44 153.6 Protein kinase domain
XP_057793512.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 867 1132 9.6e-45 153.6 Protein tyrosine and serine/threonine kinase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057937529.1
CTTCCAAAGAGGGCGGCTCCCCACCTTCCACTTCCTCACTCAATTAATCTAAATTAACACGAAAATTCCATTACAAGAAAAAACCTCAATATCTCAGTCTCACAATCTTCATTTAAGCATATGCTTCATAACACACATATAATAATGCAGTCTAGTTTCCTAATTTGTTATGCTCTTACTGTTTCAACATTAATCACCCTCACACACACCTCCTCCACCAAATTTCTCAATCTCACCACTGATCAAAATGCACTGCTCGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131010119
ATGCTTCATAACACACATATAATAATGCAGTCTAGTTTCCTAATTTGTTATGCTCTTACTGTTTCAACATTAATCACCCTCACACACACCTCCTCCACCAAATTTCTCAATCTCACCACTGATCAAAATGCACTGCTCGCTTTCAAAAACACTATCTCTTCATCAGATCCCAACGGCATCTTCGCCACGAGCTGGCCCACCAACACACCCATATGCAACTGGACCGGCGTCTCCTGCGGCGCCAGACACCGCCGCGTCAC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057793512.1
MLHNTHIIMQSSFLICYALTVSTLITLTHTSSTKFLNLTTDQNALLAFKNTISSSDPNGIFATSWPTNTPICNWTGVSCGARHRRVTALNLTGLGLRGTIAPHLGNLTFLRSLDISSNNFMGVLPSELSKLRRLEHINAGFNDFTGEIPSWFGALPELRYVRLSNNTFSGELPASLFNASSLIEINMRFNLLSGELPNDICSNTPKLEALYLSGNQLDGRIPANIYKCRGLQDLRLPSNKFSGGIPSEIGNLSLLRILSL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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