当前解析结果
SmilChr02G003122| 统一新 Gene ID | SmilChr02G003122 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr02G003122 |
| 描述 | sucrose transport protein-like |
| 染色体 / SeqID | Chr02 / NC_080388.1 |
| 坐标与链方向 | 52227710 - 52229707 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131010125 |
|---|---|
| GeneID | 131010125 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131010125 |
| 原始查询 | SmilChr02G003122 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | sucrose transport protein-like |
| 产物 | sucrose transport protein-like |
| Arabidopsis | AT1G22710 (SUC2)sucrose-proton symporter 2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838877] identity=64.1; qcov=0.988; evalue=0; confidence=high |
| Rice | Os12g0641400 (OsSUT2)- identity=49; qcov=0.941; evalue=1.2e-145; confidence=high |
| GO | GO:0005773 (vacuole); GO:0005886 (plasma membrane); GO:0008506 (sucrose:proton symporter activity); GO:0015770 (sucrose transport); GO:0055085 (transmembrane transport) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF07690 (MFS_1); PF13347 (MFS_2) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131010125 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cell membrane | 细胞膜 | 1.00000 | XP_057793520.1 |
| 2 | Vesicle | 囊泡 | 0.40000 | XP_057793520.1 |
| 3 | Lysosome membrane | 溶酶体膜 | 0.20000 | XP_057793520.1 |
| 4 | Vacuole | 液泡 | 0.20000 | XP_057793520.1 |
| 5 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057793520.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr2:52229394 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B19 |
Chr2:52229425 |
G |
GGA |
2bp_insertion | frameshift_variant | 1 | C78 |
Chr2:52229425 |
G |
GGA |
2bp_insertion | CDS_variant | 1 | C78 |
Chr2:52229439 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C15,C78 |
Chr2:52229441 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C15,C78 |
Chr2:52229462 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | C45,C83,D3 |
Chr2:52229494 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B45 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057793520.1PF07690
MFS_1 34-368 aa
PF13347
MFS_2 40-290 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057793520.1 |
Pfam | PF07690 |
MFS_1 | Family | 34 | 368 | 5.5e-15 | 55.9 | Major Facilitator Superfamily |
XP_057793520.1 |
Pfam | PF13347 |
MFS_2 | Family | 40 | 290 | 8.7e-14 | 51.6 | MFS/sugar transport protein |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。