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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G003123

染色体: Chr02 坐标: 52232452-52238966 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G003123
名称SmilChr02G003123
描述uncharacterized SmilChr02G003123
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向52232452 - 52238966 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131010126
GeneID131010126
locus_tag-
NCBI NameLOC131010126
原始查询SmilChr02G003123

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述alpha/beta-Hydrolases superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:840335]; symbol=AT1G34340; hit=AT1G34340; species=arabidopsis; confidence=high
产物alpha/beta-Hydrolases superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:840335]; symbol=AT1G34340; hit=AT1G34340; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT1G34340 (AT1G34340)
alpha/beta-Hydrolases superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:840335]
identity=57; qcov=0.962; evalue=0; confidence=high
RiceOs01g0871100
-
identity=55; qcov=0.978; evalue=0; confidence=high
GOGO:0034338 (short-chain carboxylesterase activity); GO:0044255 (GO:0044255); GO:0047372 (monoacylglycerol lipase activity)
KEGG-
PfamPF00561 (Abhydrolase_1); PF12146 (Hydrolase_4)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131010126

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endoplasmic reticulum 内质网 0.80000 XP_057793521.1
2 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 0.60000 XP_057793521.1
3 Lipid droplet 脂滴 0.20000 XP_057793521.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057793521.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057793521.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:52232724 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C23
Chr2:52233424 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B108,B5
Chr2:52237469 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B133
Chr2:52237702 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B74

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057793521.1
582 aa
N
1
291
582
Hydrolase_4
Abhydrolase_1
C
PF12146 Hydrolase_4 168-380 aa PF00561 Abhydrolase_1 168-409 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057793521.1 Pfam PF12146 Hydrolase_4 Domain 168 380 1.1e-09 38.7 Serine aminopeptidase, S33
XP_057793521.1 Pfam PF00561 Abhydrolase_1 Domain 168 409 1.9e-10 41.6 alpha/beta hydrolase fold

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057937538.1
CCAAACCCTCTCACGCTTCTTCTTCCACCGTCAACACGCACTGTACCGCGACGGAGAAGACAAGAAAAACGCGACATAACACAAGCCAAACTTCTCACCCGTCTCACCGACCATGGCATAGATTCTTAATTTCTATAAAAAAAAACTTCCGACCCACTTCCCCTATTGTTGGAAATCGTTTTTGTTCTCTTTATGGCTGATCAAAAGTCGTGGTTTTTTTTCAGCTCTATGGATTGCTCCGATGCAATTCTTGAAACTCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131010126
ATGGCTGATCAAAAGTCGTGGTTTTTTTTCAGCTCTATGGATTGCTCCGATGCAATTCTTGAAACTCCAGCAGCTGCTTACGAGCTGCTCTTCAAGTCGGCCGTCGCGATACCCTTGCCGCATTATTTAGCGGCGGCCCTTTTCTGTTTTGCTGTCGTCTTGTACAATTTCTTGGAATTTCATTTTCTTCAAGATCTTCTCACTGGATTTCGCGGGGGCCCCGTTTTCTTGACGTACAATGCGAGCTCCGACATTTATCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057793521.1
MADQKSWFFFSSMDCSDAILETPAAAYELLFKSAVAIPLPHYLAAALFCFAVVLYNFLEFHFLQDLLTGFRGGPVFLTYNASSDIYHGVVSKCRTLHGRYLATLWLSSPHFQTSFLNFFGRPPVFTYRRQMFHASDGGTFALDWLLHSDVSGVAVQNDNVLAKDDATPIVIMIPGLTSDSASPYMKHLVFGTAKNGLNVVVSNHRGLGGVSITTDCFYNAGWTEDVREVINHLHKEYSAAPLFVVGTSIGANILVKYLGE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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