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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G003126

染色体: Chr02 坐标: 52291862-52296540 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G003126
名称SmilChr02G003126
描述probable LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase At3g47570
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向52291862 - 52296540 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131010128
GeneID131010128
locus_tag-
NCBI NameLOC131010128
原始查询SmilChr02G003126

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述probable LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase At3g47570
产物probable LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase At3g47570
ArabidopsisAT5G46330 (FLS2)
Leucine-rich receptor-like protein kinase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834676]
identity=33.4; qcov=1.05; evalue=0; confidence=low
RiceOs11g0694600
-
identity=39.5; qcov=1; evalue=0; confidence=medium
GOGO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005515 (protein binding); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006468 (protein phosphorylation)
KEGGsmil04016 (MAPK signaling pathway - plant - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil04626 (Plant-pathogen interaction - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF00069 (Pkinase); PF00560 (LRR_1); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr); PF08263 (LRRNT_2); PF13855 (LRR_8); PF23598 (LRR_14)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131010128

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057793522.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057793522.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057793522.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057793522.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057793522.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:52291940 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B118
Chr2:52292250 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C2,C68,C8
Chr2:52292354 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B98,D7
Chr2:52292526 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C56
Chr2:52292538 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C85
Chr2:52292616 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B68
Chr2:52292644 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B10,B22,B52
Chr2:52292685 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A3,B56,B60,B96,C1
Chr2:52294272 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr2:52294838 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 7 A15,B135,B140,B56,B74,C19,C58
Chr2:52295231 G GT 1bp_insertion stop_gained,frameshift_variant 7 A1,B112,B126,B25,B44,B61,C21
Chr2:52295424 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B89

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057793522.1
1118 aa
N
1
559
1118
LRRNT_2
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_14
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_1
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF08263 LRRNT_2 31-67 aa PF00560 LRR_1 98-119 aa PF13855 LRR_8 98-156 aa PF00560 LRR_1 145-166 aa PF00560 LRR_1 170-192 aa PF00560 LRR_1 195-215 aa PF23598 LRR_14 241-347 aa PF00560 LRR_1 292-314 aa PF00560 LRR_1 316-338 aa PF00560 LRR_1 365-384 aa PF00560 LRR_1 389-410 aa PF00560 LRR_1 413-430 aa PF00560 LRR_1 468-490 aa PF00560 LRR_1 518-539 aa PF13855 LRR_8 565-624 aa PF00560 LRR_1 589-611 aa PF00560 LRR_1 613-635 aa PF00560 LRR_1 661-682 aa PF13855 LRR_8 682-720 aa PF00560 LRR_1 686-707 aa PF00560 LRR_1 710-726 aa PF00069 Pkinase 829-1091 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 832-1090 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057793522.1 Pfam PF08263 LRRNT_2 Family 31 67 5.5e-11 43.3 Leucine rich repeat N-terminal domain
XP_057793522.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 98 119 3.2e-56 175.8 Leucine Rich Repeat
XP_057793522.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 98 156 4.1e-50 168.1 Leucine rich repeat
XP_057793522.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 145 166 3.2e-56 175.8 Leucine Rich Repeat
XP_057793522.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 170 192 3.2e-56 175.8 Leucine Rich Repeat
XP_057793522.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 195 215 3.2e-56 175.8 Leucine Rich Repeat
XP_057793522.1 Pfam PF23598 LRR_14 Repeat 241 347 4.2e-42 144.9 Leucine-rich repeat region
XP_057793522.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 292 314 3.2e-56 175.8 Leucine Rich Repeat
XP_057793522.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 316 338 3.2e-56 175.8 Leucine Rich Repeat
XP_057793522.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 365 384 3.2e-56 175.8 Leucine Rich Repeat
XP_057793522.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 389 410 3.2e-56 175.8 Leucine Rich Repeat
XP_057793522.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 413 430 3.2e-56 175.8 Leucine Rich Repeat
XP_057793522.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 468 490 3.2e-56 175.8 Leucine Rich Repeat
XP_057793522.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 518 539 3.2e-56 175.8 Leucine Rich Repeat
XP_057793522.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 565 624 4.1e-50 168.1 Leucine rich repeat
XP_057793522.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 589 611 3.2e-56 175.8 Leucine Rich Repeat
XP_057793522.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 613 635 3.2e-56 175.8 Leucine Rich Repeat
XP_057793522.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 661 682 3.2e-56 175.8 Leucine Rich Repeat
XP_057793522.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 682 720 4.1e-50 168.1 Leucine rich repeat
XP_057793522.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 686 707 3.2e-56 175.8 Leucine Rich Repeat
XP_057793522.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 710 726 3.2e-56 175.8 Leucine Rich Repeat
XP_057793522.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 829 1091 2.5e-43 149.1 Protein kinase domain
XP_057793522.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 832 1090 2.8e-43 148.8 Protein tyrosine and serine/threonine kinase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057937539.1
TGTTACACCAAATAAAGAAACTAGGTAGCACAACAATGGATAACTCCTTATTCCGTCATGGTGTTTTGTTATTGATATGCAACTTGTTTTCCCTCAGCTTATCCCAATCTCTCTCGAATCTCACCACTGATGAACACGCTCTCATCGCCTTGAAAAACTCCATCATTCCAAACCATAATAAGCTCGAAAACTGGTCCACTCGCAACCCCATCTGCGGATGGATCGGCGTCTCTTGCGGCGCCAAACACCGCCGCGTCACG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131010128
ATGGATAACTCCTTATTCCGTCATGGTGTTTTGTTATTGATATGCAACTTGTTTTCCCTCAGCTTATCCCAATCTCTCTCGAATCTCACCACTGATGAACACGCTCTCATCGCCTTGAAAAACTCCATCATTCCAAACCATAATAAGCTCGAAAACTGGTCCACTCGCAACCCCATCTGCGGATGGATCGGCGTCTCTTGCGGCGCCAAACACCGCCGCGTCACGGCCCTAAATCTCACTGCCCTCGGCCTCCGAGGAAC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057793522.1
MDNSLFRHGVLLLICNLFSLSLSQSLSNLTTDEHALIALKNSIIPNHNKLENWSTRNPICGWIGVSCGAKHRRVTALNLTALGLRGTLPPHLGNLTFLRSLDIRSNNFTGVLPSELSKLRRLEYMNAASNNFTGAIPSWLVGLSQLRRLYLHSNRFSGGIPSSLFNVSSRLEVLNLENNQLINGSIPDAIFNISSLMYLNLGRNRLSGKIPNNMCTNTPKLEIFMVGGNQLYGEIPRNIGKCMELEVLELQANYFNGNIP...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

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