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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G003131

染色体: Chr02 坐标: 52337056-52340158 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G003131
名称SmilChr02G003131
描述protein SENSITIVE TO PROTON RHIZOTOXICITY 1-like
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向52337056 - 52340158 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131010132
GeneID131010132
locus_tag-
NCBI NameLOC131010132
原始查询SmilChr02G003131

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述protein SENSITIVE TO PROTON RHIZOTOXICITY 1-like
产物protein SENSITIVE TO PROTON RHIZOTOXICITY 1-like
ArabidopsisAT1G34370 (STOP1)
C2H2 and C2HC zinc fingers superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:840339]
identity=62.5; qcov=0.998; evalue=0; confidence=high
RiceOs01g0871200 (OsbHLH033)
-
identity=56.4; qcov=1.03; evalue=7.51e-161; confidence=high
GOGO:0010044 (response to aluminum ion); GO:0010447 (response to acidic pH)
KEGG-
PfamPF23115 (zf-C2H2_STOP2_3rd); PF23118 (zf-C2H2_STOP2_C)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131010132

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057793525.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057793525.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057793525.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057793525.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057793525.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:52337312 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C15
Chr2:52337355 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B34
Chr2:52337523 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B69,B73,B79,B84,C50
Chr2:52337640 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A21,B57,C77,D5
Chr2:52337700 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B10,B94,C74
Chr2:52337724 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A5,D10,D9
Chr2:52337789 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B34
Chr2:52337865 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A3,B60,C1
Chr2:52338092 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B19,B54,B64,C29,C47
Chr2:52338096 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C74
Chr2:52338105 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A21,B115,C45
Chr2:52338341 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B137,B76

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057793525.1
499 aa
N
1
250
499
zf-C2H2_STOP2_3rd
zf-C2H2_STOP2_C
C
PF23115 zf-C2H2_STOP2_3rd 297-331 aa PF23118 zf-C2H2_STOP2_C 362-391 aa
XP_057793526.1
499 aa
N
1
250
499
zf-C2H2_STOP2_3rd
zf-C2H2_STOP2_C
C
PF23115 zf-C2H2_STOP2_3rd 297-331 aa PF23118 zf-C2H2_STOP2_C 362-391 aa
XP_057793527.1
425 aa
N
1
212
425
zf-C2H2_STOP2_3rd
zf-C2H2_STOP2_C
C
PF23115 zf-C2H2_STOP2_3rd 223-257 aa PF23118 zf-C2H2_STOP2_C 288-317 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057793525.1 Pfam PF23115 zf-C2H2_STOP2_3rd Domain 297 331 1.2e-19 70.7 STOP2-like, C2H2-type zinc finger
XP_057793525.1 Pfam PF23118 zf-C2H2_STOP2_C Domain 362 391 4.3e-20 71.7 STOP2-like, C2H2-type zinc finger
XP_057793526.1 Pfam PF23115 zf-C2H2_STOP2_3rd Domain 297 331 1.2e-19 70.7 STOP2-like, C2H2-type zinc finger
XP_057793526.1 Pfam PF23118 zf-C2H2_STOP2_C Domain 362 391 4.3e-20 71.7 STOP2-like, C2H2-type zinc finger
XP_057793527.1 Pfam PF23115 zf-C2H2_STOP2_3rd Domain 223 257 1e-19 71.0 STOP2-like, C2H2-type zinc finger
XP_057793527.1 Pfam PF23118 zf-C2H2_STOP2_C Domain 288 317 3.6e-20 72.0 STOP2-like, C2H2-type zinc finger

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XM_057937544.1
GAGTATGAACAGATTAATGTAATTACAGAAAACAAAGAATAAAAGAGTAAGAATTCATGATTTGGATTTACAGTGGCCCCAAAAGTATCAAATTTTCGGTGATTGGGATTTGAGAACAAGTGGTGGCAGTGCGACAGAGGAGGAGAGACAGGACTCGACTTCTTCGAAGCGCACACACATAAAGAAAAATAAATAAAATAAATAAATAAATAATGTTATTATTGAGCCCTTTAAGCTAAAATATAAAAATTTGTGCAAGA...
XM_057937542.1
GAGTATGAACAGATTAATGTAATTACAGAAAACAAAGAATAAAAGAGTAAGAATTCATGATTTGGATTTACAGTGGCCCCAAAAGTATCAAATTTTCGGTGATTGGGATTTGAGAACAAGTGGTGGCAGTGCGACAGAGGAGGAGAGACAGGACTCGACTTCTTCGAAGCGCACACACATAAAGAAAAATAAATAAAATAAATAAATAAATAATGTTATTATTGAGCCCTTTAAGCTAAAATATAAAAATTTGTGCAAGA...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC131010132
ATGGACCCCGACGAGAGGCTATGTGCAACTACATGGGCAAAGTCCTCATCGGGCCATGAATCACTCAACACGCATTCAAATAACCGATCTTTAACAGATTTTGATAGACAGCAGCAGAAGTGGGAAGAATCCTCGTTCCATGGCTACGGAGTAAGGACCTCTGACCAACAATTTTCTGGTTTCAAACGACCATTTGCATCCAACGTTGATAGCCAGAGGCAAATGAACGATCTTCATGGTAAGCAGATACCCGAGGCTCA...
LOC131010132
ATGGACCCCGACGAGAGGCTATGTGCAACTACATGGGCAAAGTCCTCATCGGGCCATGAATCACTCAACACGCATTCAAATAACCGATCTTTAACAGATTTTGATAGACAGCAGCAGAAGTGGGAAGAATCCTCGTTCCATGGCTACGGAGTAAGGACCTCTGACCAACAATTTTCTGGTTTCAAACGACCATTTGCATCCAACGTTGATAGCCAGAGGCAAATGAACGATCTTCATGGTAAGCAGATACCCGAGGCTCA...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057793525.1
MDPDERLCATTWAKSSSGHESLNTHSNNRSLTDFDRQQQKWEESSFHGYGVRTSDQQFSGFKRPFASNVDSQRQMNDLHGKQIPEAHELDNMQNWDPRAMLNNLSFLENKIHQLQDLVHLVVGRRGQAMSQADEILVQQQQLITADLTSIIVQLISTAGSLLPSVKNSENLTSQLGQFSGTASQSAGVLDNVVHNNANKMEDQHDPTGVFEDHDMKSDDDAEEGENLPPGSYEILQLEKEEILAPHTHFCTICGKGFKRD...
XP_057793526.1
MDPDERLCATTWAKSSSGHESLNTHSNNRSLTDFDRQQQKWEESSFHGYGVRTSDQQFSGFKRPFASNVDSQRQMNDLHGKQIPEAHELDNMQNWDPRAMLNNLSFLENKIHQLQDLVHLVVGRRGQAMSQADEILVQQQQLITADLTSIIVQLISTAGSLLPSVKNSENLTSQLGQFSGTASQSAGVLDNVVHNNANKMEDQHDPTGVFEDHDMKSDDDAEEGENLPPGSYEILQLEKEEILAPHTHFCTICGKGFKRD...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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